“和平爱国团”的成员，都是被俘的解放军军官和文职人员，保密局从中挑选人事关系较多的人带回南京，施以训练再派出去活动。但是，这些人被派出去后，从来没有把解放军部队策反到国民党这边来。在策反工作中，毛人凤极力在蒋介石面前争功的是策反郝鹏举的事件。当时很多方面都在进行这一活动。薛岳说是他一手搞成的；毛人凤却硬说是由于他通过吴化文的关系起了决定性的作用。等到吴化文起义后，毛人凤满以为有把握再把吴策反过来，结果空夸了一顿口，给蒋介石骂了一顿。保密局在进行策反工作中，还弄过许多次赔本生意。如对河南军区牛子龙的策反，便把派去的人和电台一起送掉了。牛子龙曾在军统中工作过，因发现他有同情中共的言行便把他扣押在军统西安西北看守所中。牛在看守所内联络了几个心腹人员，趁看守人员不防备时劫夺警卫枪支，击毙几个看守，逃出监狱，投入解放军。毛人凤以为凭过去的关系，只要不追究他越狱的罪行，应许给以官位金钱，便可把他策反过来。结果等到把人和电台派去后，便一去不复返了。这类的事虽然有过好几次，但毛人凤并不死心。他总认为只要成功一次，便能一本万利。直到1948年冬，他还在积极搞这些活动。到1949年后，他再也不愿在这方面花气力了，他知道大势已去，谁也不会再弃明而投暗。
特务武装的覆灭
到保密局时期，派特务武装进攻解放区，有了新的发展。这时由于蒋介石发动了全面内战，郑介民和毛人凤便一批又一批地把所掌握的交通警察总队调往各个战场，直接参加反人民战争。最初毛人凤担心这些部队不能作战，在阻止解放军解放大同和包头的两次战役中，他发现特务武装发挥了一点作用，便越来越胆大起来。可是等到张国梁、熊剑东等几个总队被解放军全部歼灭以后，毛人凤既感到非常心疼，又有些恐慌，但是蒋介石为了垂死挣扎，还是不断地把这些部队投入战场。在上海外围战斗中，第2、第5、第11、第12、第15、第18以及水上总队都投了进去，结果除两三个下完整的总队由他的亲信周文新带往台湾以外，其余几乎全部被歼，最后剩下的残余部队，也在代指挥李铁大率领下放下武器。投向人民。
在1949年初任交通警察总局长的周伟龙，个人野心一向很大，他用尽一切方法，特别是通过和毛人凤老婆向影心的勾结而抢到这个职务后，不愿再听毛人风的指挥而独树一帜。他最反对把交警总队投入前线作战，而希望多保留一点实力。那时唐生明在湖南暗中策反国民党武装部队，和周取得联系之后，周便设法把交警总队慢慢抽调到湖南去集结，先后调去了王春辉等6个总队。当他还想抽调派驻在奉化担任蒋介石警卫的部队时，被毛人凤发觉，立刻向蒋介石报告，将周伟龙在上海国防饭店内逮捕。在搜查出的信件中，发现他与唐生明有往来。毛人凤原来准备马上逮捕唐生明，后来因为湖南正在酝酿和平运动，便改派特务孙坤、焦玉印等前去长沙暗杀唐。特务们曾在唐的寓所附近向他放过一枪而未击中。等到程潜率部在长沙起义后，原来在湖南工作的张严佛、刘人奎、刘人爵等都参加了起义。毛人凤怕其他特务效尤，便令焦玉印等把参加湖南起义后临时担任长沙警察局局长的刘人爵暗杀于长沙浏阳门正街22号家中。凶手逃出后，改派到云南工作，他们曾向沈醉谈到过这一经过。
侦探毛泽东下落落空
在解放战争期间，为了镇压各地民主爱国运动，保密局特别举办了两次司法人员训练班。这个训练班之所以设立，主要是研究国民党的宪法颁布以后，保密局怎样表面上不违背宪法，又能随心所欲地贯彻军统的意图，逮捕革命人士，阻止人民的活动。因此这个班成立后，司法人员莫不背地里叫它“违法训练班”。到1948年初，蒋介石颁布了《特种刑事法庭组织办法》，一脚把宪法规定的保障人身自由等假东西踢得干干净净，这时候特务们额手称庆，才再不研究耍“宪法”幌子的手段，而依旧毫不掩饰地按照原来的一套进行逮捕、搜查、审讯等危害人民的勾当了。保密局在解放战争期间，除了直接干出许许多多破坏中共组织、屠杀中共党员、镇压民主爱国运动、大批逮捕囚禁革命人士以及在各大城市进行大破坏大屠杀等罪恶活动外，对解放地区的情报工作一直无法开展。毛人风为此经常遭到蒋介石的责备，他每次被训过一顿后，便照例对外勤各单位也来一次指示和训令，要求各单位务必切实设法加强这方面的工作。
毛人凤认为这项工作做得比较出色的，是天主教神父雷震远领导的华北工作督导团。他们利用天主教的关系，指使在解放地区或接近解放区的教徒从事这方面的活动，搜集到不少东西，往往比许多接近解放地区的省站所得到的情报还要多几倍。在胡宗南攻占延安后，保密局为获取情报，立刻在延安成立了小组，派崔毓斌担任延安的稽查处处长。蒋介石这时急于要知道毛泽东、中共中央与八路军总部的所在地，他指示毛人凤，要不惜花费最大的人力和物力，不管付出什么代价，都要设法把中共领导人的下落弄清楚。那几天蒋介石天天问毛人凤有什么情报没有。可是稽查处除了在延安附近抓到几个没有法子走动的老病残废外，再也没有找到一点旁的线索。毛人凤也急得不得了，认为这是活捉中共领导人的大好机会，他一再严厉要求陕西站务必加强延安组的工作，无论如何要满足蒋介石的这一要求。这时胡宗南也打电报给毛人凤，要他特别加强这方面的活动。毛人凤被弄得寝食不安，天天在会餐时谈这个问题，不断地用特急电报指示陕西站。他非常生气地说：“我们的工作没有法子配合军事上的胜利，辜负领袖对我们的期望。这种千载一时的好机会都放过了，实在太说不过去。”直到1949年10月间，毛人凤在和沈醉谈到这项工作时，他也不得不承认，在和中共做地下斗争中保密局是失败了。
大破坏活动
毛人凤从保密局成立开始，便想走戴笠的老路，希望得到美帝的直接支持，与美帝特务们再来一次合流。戴笠死后不久，原中美所副主任、美特头子梅乐斯特地从美国到南京吊唁他这位朋友时，毛人凤便有过这种表示。梅乐斯当时曾答应在对付共产党问题上再尽一点力。后来美国为表彰协助中美所工作的军统特务，特别发给郑介民、唐纵、毛人凤、潘其武、李崇诗、陶一珊等6人每人自由勋章一枚，郑介民和毛人凤都在欢宴美国授勋的专使宴会上，再次表达了他们希望美国支持的愿望。但是中美特务合作的事，以后不知道什么原因，一直迟迟未曾实现。直到大陆全部解放，保密局逃往台湾，美帝特务才姗姗而来，成立了一个中美办公室，由曾任中美所总翻译的刘镇芳担任主任。美帝方面派了过去在中美所工作过的20多名美特来到台湾。1948年秋天，蒋介石特准保密局增加2880人的编制和预算。这两千多人，大部分配备在新成立的技术总队里，由杜长城任总队长。专门从事各大城市临解放时的破坏活动。技术总队成立前，曾在苏州办过一个爆破人员训练班，专门训练了3个多月。这个总队除了参加为阻止解放军渡江而在江里布置水雷和在江岸布置地雷等活动外，还参加了南京、上海撤退前的大破坏。对于破坏上海公用建设的工作，则因汤恩伯还准备在上海与解放军进行巷战，没有进行，解放后才派飞机去轰炸杨树浦等发电厂。
最使毛人凤不满意并感到遗憾的，是他推动勒索的计划没有实现。1949年10月间，他在昆明和沈醉以及徐远举等谈到这件事的时候，还在大骂上海稽查处长黄加持太不中用，没有听他的命令。原来在上海被包围时，他就要警备司令部稽查处做好抢劫的准备。他认为东西不抢走，反正会落到共产党手中。在他的计划中，至少可抢到几万两黄金和大量美钞，足够保密局一两年的经费。由于黄加持的准备工作事先做得不周密，不但有钱的资本家都躲起来找不到，他们的钱放在什么地方也弄不清楚。结果除了特务们各显伸通自己趁机抢了一些外，有计划的大规模抢劫却没有能实现。
在重庆解放前夕，保密局在重庆成立了一个“破坏指挥部”，也叫“破厂办事处”，下设参谋、技术、运输3个组，专门破坏重庆的兵工厂、发电厂、仓库等。抗战期间，国民党先后在重庆及附近各县建立过10来个兵工厂，蒋介石怕这些工厂落入解放军手中，便决定叫毛人凤派人进行彻底破坏。这个指挥部由兵工署稽查处长廖宗泽及保密局西南特区区长徐远举等负责主持，由杜长城率领技术总队特务们担任技术方面的工作，于1949年11月，先后将大渡口钢铁厂与长寿龙溪河水力发电厂及南岸鹅公岩等兵工厂的重要设备一一予以破坏，当时有不少工人在护厂工作中壮烈牺牲。当解放军越过贵州而直向重庆挺进时，毛人凤还叫杜长城派人去破坏綦江大桥。