一大早，明将吴杰等人大排方阵于西南，严阵以待。
老于军旅的朱棣见吴杰四方阵，笑谓诸将说：“方阵四面受敌，岂能取胜！我以稍兵攻其一隅，一隅败，则其余自溃矣！”
于是，朱棣先派兵士于三面呐喊佯攻，自己亲师精锐猛攻吴杰方阵东北角。燕将个个奋勇争先，督战甚力。燕王朱棣使出出敌背后的招术，率一队人循滹沱河岸疾驰，绕出明军阵后突入，大呼奋击。明军矢下如雨，燕王侍卫所举大旗之上，积箭如猬毛。虽如此，燕军将士多被杀伤，燕王朱棣本人却没中一箭。
明将平安在阵中立一高数丈的瞭望台，登高以望燕军情势。望见平安将旗字号，燕王朱棣深知此人是明军军胆，便亲自率兵冲向瞭望台。
平安眼看朱棣执枪纵马而来，心里也不能不慌，慌忙跳下，骑马遁避。恰值大风忽起，发屋拔树，燕军乘之，吴杰的明军大溃。
果真奇怪，初夏时分竟又刮起狂风，命运之神再次在关键时刻青睐朱棣。朱棣麾兵四向逼蹙，明军被斩首六万余级。吴杰等人率残军退保真定。
至此，滹沱河一役，又以燕王大胜告终。
终极目的——通往帝都的最后胜利
燕兵此次大胜后，河北郡县多降，顺德、广平、大名等地皆附于燕。
朱棣上书建文帝，要朝廷招还吴杰、平安、盛庸诸将，交战双方各自罢兵。
建文帝把燕王书信示于臣下，方孝孺出主意说：“我们诸军仍在集结，燕军久羁大名一地，夏日暑雨，不战自疲。现在，应急令辽东诸将入山海关，攻永平，真定诸将渡芦沟桥冲击北平。燕军必急回军以卫巢穴，我军蹑其后追击，必可一举成功。但是，为了缓其兵锋，慢其骄心，应下诏赦其罪过，使其部署因日久懈怠而军心离散。”
于是，建文帝派大理少卿薛嵓携诏书入燕营，赦燕王父子及诸燕军将士罪，仍复王爵，勿预兵政，归国息兵。
薛嵓见朱棣。朱棣问建文帝有何言教。薛嵓说：“皇上说，只要殿下早晨释甲，来谒孝陵，大军晚上即旋师。”
朱棣闻言嗔目大怒：“哼！这话三尺童子也骗不了啊。”
燕王将士在帐中鼓噪，纷纷扬言要杀掉皇使。
朱棣红脸使完，又充白脸。“奸臣不过数人，薛嵓天子使臣，不得妄动！”
然后，他带着薛嵓在营中观射，耀武扬威，显示实力。
临行前，他对薛嵓大言道：“汝归，为老臣谢天子……但奸臣尚在，大军未还，臣将士存心狐疑，未肯遽散。望皇上诛权奸，散天下兵，臣父子单骑归阙下，唯陛下命之。”
朱棣何等人也，软硬不吃。建文君臣不得不再想办法。
燕军驻扎大名期间，明将吴杰、平安等发兵截断北平粮草运输线。朱棣以报还报，派六千轻骑驰奔徐州、沛县一带，装扮成南军，背后插柳枝为暗号，躲过明军防守，直入济宁各仓，尽焚明军粮储。
接着，朱棣暗中派兵潜入沙河、沛县，烧毁明军数万艘粮船，无数军资机械俱为灰烬，河水尽热。
由此，德州粮饷断绝，京师大震。
明将平安在真定不甘寂寞，准备主动进攻北平。他率军在距北平五十里的平村扎营，常出兵骚扰燕兵。燕世子朱高炽派使向燕王告急。
朱棣派大将刘江黑夜驰还，携火炮数十门，至城外即燃响巨炮，城中燕兵冲出，双方夹击，大败明将平安，斩首千余。平安走还真定。
其间，方孝孺还向建文帝出主意反间燕王父子——派使臣密至北平，赐燕世子朱高炽皇上御笔亲诏，“如归朝廷，许汝为王”。北平城内的太监黄俨与朱高炽不和，一见朝廷信使来，马上派人快马驰报燕王，说“世子将反”。
朱棣犹疑，向另一个儿子朱高煦问计。朱高煦回答：“世子本来就和太孙（建文帝）关系很好。”几人正商量怎样除掉“叛父”的世子，朱高炽已派人来，把被捆绑得严严实实的建文帝使臣和未启封的诏书送至朱棣营中。
燕王朱棣又惊又喜，看完书信后，大叹：“差点杀了吾子！”
1401年8月，明将盛庸檄令大同守将房昭引兵入紫荆关，侵扰保定诸县，并于易县西水寨驻兵。
西水寨地处万山丛中，易守难攻，可窥伺北平，相机而动。朱棣听闻此讯，深知保定是股肱郡，保定一失，北平必危，于是，燕军班师。
燕军渡过滹沱河，至完县，增兵镇守保定。行军路上，朱棣还派三万精骑邀击明将吴杰给房昭发去的大批粮饷，围困西水寨。
吴杰派人来援，快赶到金水寨时遭燕兵埋伏，被杀得大败，金水寨守军观此大骇，与真定兵俱一溃而逃。此战，燕军斩首万余级，明军摔下山崖又死近万人，除房昭外，多名高级将校被生俘。
得胜之后，燕军还师北平。
1401年12月，建文帝派遣忠心耿耿的驸马都尉梅殷镇守淮安，募兵四十万，驻军淮上以扼燕军。
至此，燕王朱棣起兵三年，虽然多次大胜明军，但所得土地仅永平、大宁、保定，旋得旋弃，战死者甚众。明军虽屡遭挫败，但军队分布颇盛，时时有告捷消息。
明军是拥正朔的正规军，名正言顺，从整体形势讲，打到这份上，朱棣并没有任何优势。如果战事一拖再拖，燕兵疲敝，人心离散，没准就会杀出几个军将剁砍朱棣父子人头以取富贵。
最最紧要关头，建文帝宫内的太监帮了朱棣天大的忙。由于建文帝御内臣甚严，不少宦官心怀怨望。这个年青皇帝禀承老皇帝朱元璋旨意，严防太监干政，只当他们是供洒扫的奴仆而已。同时，他常常严惩冒皇帝名义出外勒索的宦官头目，使得这些不男不女的家伙心中充满怨毒，纷纷派人到朱棣处示好，把“金陵空虚”的消息告诉燕王，建议燕军“乘间疾进”。
一席话点醒梦中人！朱棣决计直趋金陵，准备与建文帝临江决战，拼个鱼死网破。
建文四年（1402年）初，朱棣提兵出北平。燕军士气高昂，先在藁城破明兵，斩首四千，紧接着破衡水、下东阿、陷沛县，并在邹县以十二骑大破明军运粮的后勤士兵三千多人，直围徐州。
徐州明兵破胆，龟缩城内不敢战。燕军绕过徐州，径趋宿州。
燕军行至淝河，明将平安率军四万蹑随其后。
观察地形后，朱棣判断道：“滨河地带多树木，敌兵必疑我军设伏，淝河地平少树，彼不疑，可伏兵。”他亲师精兵两万，持三日粮，至淝河设伏。
临行，他嘱诫诸将，一俟燕兵与敌军开战，立即在一路上命未投入战斗的士兵齐举火炬，以惊吓明军。
平安明军将至，朱棣派数百燕军快马迎前。燕兵见了明军，故作惊慌状，丢下大批看似像金帛的袋子，掉转马头逃走，以诱引明军入伏击圈。
明军士兵纷纷下马，争抢大袋子里的“货物”。打开一看，全是烂草。这样一来，明军骑阵稍乱。喧哗之间，已入燕军埋伏圈。
一声锣响，燕兵跃起，平安所率明军知道中计，掉头就走。平安自率三千骑兵奔亡于北岸，燕王朱棣仅以数十骑人马，横挡住平安去路。平安手下有员蒙古族勇将名叫火耳灰，先前也在燕王手下为将。入侍京师数年，被建文帝派到平安手下充当主力。火耳灰识得燕王面目，手执长槊就奔朱棣奔来。朱棣手下燕将童信一箭射中火耳灰的坐骑，燕兵生擒火耳灰。火耳灰的部曲哈三帖木儿也很勇猛，见主将被擒，立刻策马杀到，又被燕军射落马下生俘。
明军见状惊恐，大败而去。
当晚，朱棣释放火耳灰等人，并以这些憨厚忠勇的蒙古人为贴身侍卫。诸将劝他小心，朱棣不听。北人质鲁朴实，朱棣看准了这点，故而用人不疑。
朱棣挥师临淮，大破明军后勤部队。明兵部尚书铁铉率部来迎，燕军交战失利，危急之间，朱棣幸得火耳灰等蒙古侍卫翼护，有惊无险。（火耳灰报恩也真快）
1402年5月，明将平安在小河南岸扎营，燕军于河北岸驻营。各自准备后，双方于清早交战。
混战之间，平安左刺右杀，在北坂和燕王朱棣马头相对。此时，平安也顾不得“莫伤朕叔父”的诏令，举槊急击，数次差点刺中朱棣。
遇见对方动真格的，朱棣身手再好，心中也十分着慌。幸亏燕军蕃骑指挥王骐赶到，跃马直冲平安，平安坐骑又蹶了一下，朱棣才逃得一命。
双方大战一整天，各有死伤。于是明军驻桥南，燕军驻桥北，相持数日。不久，明军粮尽，燕兵乘间袭击。恰适明将徐辉祖军至，双方又大战于齐眉山，自午至酉，胜负相当。
乱战之中，燕将王真、陈文、李斌等人都临阵被杀，诸将心生恐惧，纷纷劝朱棣：“我军深入日久，暑雨连绵，淮土蒸湿，疾疫多发，不如回军至小河之东，休息士马，再作打算。”
朱棣坚持前进，他说：“兵事有进无退！现在我军胜势已见，如果反而掉头北返，军心马上解体！”
众人之中，只有燕将朱能坚决站在燕王一边，苦劝诸将再做坚持，莫生退心。
建文朝臣探知消息，知道燕军正在苦撑，败象已露，就劝建文帝说：“燕军很快就要败北，京师不可无良将。”
建文帝不知兵，马上下诏召回徐辉祖军入卫京师，这样一来，小河战场只剩下何福所率一支孤军与燕军相持。
双方对垒期间，燕王朱棣令军士进行休整，广赐财物，收买军心。