他下诏加强海防力量，禁止军民人等“私通海外”，还未完全实施海禁，允许贡舶贸易。
朱元璋初建明朝时，他对日本的情况不甚了了。洪武二年，倭寇犯山东，朱元璋仍旧“天朝”思维，遣使至日本，诏谕其奉表来朝，语气充满恫吓。日本南朝的怀良亲王乃后醍醐天皇的儿子，见明朝来诏语气强硬，不吃这套，竟敢杀掉几个明使并拘押了正使杨载等人。转年，明使又来，怀良态度有了一百八十度的大转弯，厚待来使，上贡马匹及衣物，并向明朝放还倭寇在明州和台州等地抢掠的平民男女七十多人。朱元璋大喜，自以为明朝天威所至，终于使小倭臣服。其实，怀良当时的“服软”，恰恰是因为日本北朝咄咄逼人，日本南朝疆土日蹙，不想也不敢又树一大敌，再招惹明朝的进攻。
过了好久，朱元璋才知道所谓的“日本国王”怀良不过是个亲王，日本还有一大半地方归于“北朝”统治，于是他派使臣前往日本想与日本北朝联系。在怀良阻挠下，明使一直不能北行。过了近两年，明使才与实际主持北朝政事的幕府将军足利义满（源道义）联系上，进入日本王京商议两国“友好”之事。足利义满为人还很有长远思虑，他派使臣携贡物而来，但老朱皇帝认定日本来使没有正式称臣称藩的官方表疏，拒绝接受贡品。他厚赏日本使者，诏遣归国。
日本方面，南北朝大致是这样形成的：1318年，即日本文保二年，后醍醐天皇即位，他属于大觉寺皇帝系统。借将军幕府内部发生内讧之机，他想推动“倒幕”来使自己的虚位变实。结果，幕府将军一派先下手，把后醍醐天皇流放到隐歧（今岛根县）转而拥立持明院一系的皇室后代光严天皇即位。后醍醐天皇的儿子怀良亲王与大阪武士楠木正成等一些人立刻起兵相抗，发起倒幕战争。开始时，怀良亲王一派非常顺利，甚至把他天皇爸爸也从隐岐救出。幕府一派大将足利尊本来是奉命镇压，但他中途倒戈，支持后醍醐天皇，回军灭掉了镰仓幕府的北条氏。如此一来，光严天皇退位，后醍醐天皇复辟，实行天皇亲政。
君臣相处日久，天皇想下手把他的“恩人”足利尊也干掉，可这位足利尊不是吃素的，他先下手，再次逮捕了后醍醐天皇，扶立持明院系统的光明天皇继位。后醍醐天皇跑到吉野，与光明天皇并立，所以，日本出了“南北朝”局面。后醍醐天皇一派转为“南朝”，光明天皇一系称为“北朝”。这种对峙，一直延续五十多年。
当然，大明朝并不知道日本还有什么“天皇”，蕞尔小邦，不过是摹仿大唐高宗皇帝的“天皇”称谓，自娱自乐而已。
明初倭寇，真倭居大多数，多数来自日本列岛的萨摩、长门、博多、鹿八岛等地，入侵道路和以往入贡道路一样，由高丽趋山东，在四、五月间趁东南风沿海扬帆而至。所以，山东、辽东半岛的倭患在明初最严重，其次是浙江。当时受倭患困扰最大的，还有明朝的藩属国高丽（朝鲜）。但李氏王朝建立后，朝鲜国内政治局势好转，倭寇连连受挫，就把入侵重点转向中国沿海。
胡惟庸案发生后，朱元璋因为此案涉及日本人参而面龙颜大怒，对日本深恶痛绝，遣使痛责。不料，南朝的怀良亲王觉得山高皇帝远，派人送来表文，语意傲诞无礼。
老朱皇帝阅毕，气得哇哇大叫。但最终还是以元朝征倭失败为前鉴，没有发兵征讨这个海外狂妄小国。
朱元璋本身就是个偏狭之人，由于对倭人满心痛恨。洪武二十七年之后，幕府将军足利义满已经统一了日本,并以太政大臣的身份当上了日本实际的主人。他派人主动来向明朝示好，皆被老朱拒绝。当然，朱元璋不敢轻视海防，陆陆续续下来，几十年间，洪武一朝共在辽东、山东、南直肃、浙江、福建、广东等地设立了五十八卫及八十九所，置兵数十万，有兵舰千余艘，严防倭寇。
明太祖朱元璋死后，其孙朱允炆即位，也就是建文帝。日本的足利义满忙趁机遣使表示友好，在正式表文中有“日本国王臣源（道义）”的自称，也就是以藩国身份向大明称臣。建文帝厚报使者，热情接待。
但是，日本使节再来明朝时，大明皇帝已经变成了朱棣。明成祖朱棣虽然篡了侄子的江山，对日本的态度却没有变化。他非常热情，特别是足利义满的“称臣纳贡”，让这位野心家十分舒坦。
为此，明、倭两国友好关系建立，约定日本十年一入贡，人数每次不超过二百人，并给予日本人“永乐勘合”。
现代人听见中国古代四周的小国纷纷入贡，觉得倍儿自豪，泱泱大国自尊心一下子得到满足。其实，这些蛮夷小国的所谓“入贡”，变相打秋风捞便宜而已，真正的称谓应该是“贡舶贸易”或者“勘合贸易”。
以倭国为例，其使臣所携“贡品”，中国肯定要依其价值“回赐”金银，往往是一根萝卜换回人参钱。只要你小国承认我大明为天朝，我们就厚赏金钱买脸面；使臣们除“贡品”外，又搭载不少官方货物在当地贩卖，为体现“天朝”宽仁，明朝基本是予以“免关税”对待，即不对货物“抽分”，以此来达到“怀柔远人”的目的；最后，来使们个个夹带私货，上至正使，下至船夫役佣，都揣私货来贩，天朝当然对此不闻不问，任其货殖取利。
所以，各个蛮夷小国特别喜欢和中原王朝打交道，叫声爷爷能换那么多好处，傻瓜才不干。所以，虽然规定“十年一贡”，每次二百人为限，但日本贡舶船一年就来几次“入贡”。
为了向大明示忠心，足利义满也在国内搜捕倭寇，并派兵到对马诸岛，全歼了数百劫掠中国沿海的贼人，获贼头二十人。而后，趁永乐三年入贡时，把这些“倭寇”全部交予大明朝处置。明成祖朱棣自然高兴，对足利义满予以重赐，但他拒绝收倭虏，让日本使节自己处置。
日本使节很“懂事”，回行至宁波时，他指挥手下，把二十个倭寇头子全部入放立于海边的大铁锅内，统统小火蒸熟，然后抛入海中喂鱼。自然，此举又获明廷赏赐大笔金银。
永乐六年，足利义满病死。他的儿子新任幕府将军。这位足利义持是反明派，断绝了两国的正常关系，倭寇来犯加频。但后来随着足利义教的继任，日本恢复了与明朝的友好关系。所以，自永乐至正德的近一个世纪内，中日官方关系大局上是友好的。即便如此，明朝沿海倭患时有发生，日本各地大名诸侯或武士、浪人集团常常冒充贡使贡船，在中国沿海一带骚扰抢掠。
永乐十七年（1419年），明朝辽东总兵刘江在望海埚一战大败倭寇，斩首千余，活抓数百，一时间倭寇的活动大有收敛。
明英宗正统四年（1439年），四十多艘持有明朝勘合的倭船趁明军不备，突然发动袭击，在浙东杀掠官兵平民数万人，登陆后焚屋掘坟，无恶不作。最令人发指的是，这一伙真倭把婴儿挑挂于竿头，用滚水浇烫，以听小儿惨嚎为笑乐。每当他们抓到孕妇，鬼子们就三五成群，互相打赌孕妇腹中是男是女，然后用刀剖开视看以为戏耍。当是时也，浙江许多地区“流血成川，积尸如陵”。种种恶行，在二十世纪的中日战争中，这些倭寇的后代们变本加厉，又在中国重新上演。
对此，明朝政府极其重视，派重兵分守要地，增置堡垒，添置大船，在沿海严备，使得倭患稍息。
明朝与日本政府官方之间，仍旧保持贸易往来，但也都是薄来厚往的不平等贸易，日本人从中赚取了高额利润。以日本刀一项为例，这种刀器，品质好的在日本国内可能最多值1500文，而到了明朝，至少也要一万文卖出。由于刀剑这种东西不占地方好携带，日本的“贡使”们纷纷爱带这种货物进入中国。事实上，刀剑等武器本来是严禁作为商品入口的。明政府还是委曲求全，就怕小不忍则乱大谋。
有时候，明朝官员偶尔因日本使臣携带刀剑太多表示拒绝购买，日本人就会威胁说：“如果大明嫌弃我们的货物，我们国王肯定大大的不高兴，到时候海寇闻风而至，不知谁能担此罪责？”由此，明廷在与日本的贸易中，经济负担日益沉重。加上对这些罗圈腿矮子每次成百上千人的“接待费”，明廷确实有苦难言。
日本人是那种欺软怕硬的典型，这些持有勘合的商队在中国各驿站被好吃好喝伺候着，仍旧不知足，时常凌侮驿官驿夫，甚至多次趁酒醉殴死中国人。过分到这种地步，明政府总是息事宁人，谕令日本使臣把“人犯”带回自己国家审讯，以示“朝廷宽宥怀柔之意”。
中国人一向有此传统，即对外国人无比“宽大”、“宽容”、“博爱”。二十世纪中期日本战败后，那些双手沾满国人鲜血的战犯仍然受到我们的优待，而我们的看守中不乏父被日本杀母被日本人奸的人，他们却对日本人表现出超出人性范畴的“宽仁”。所有这一切，就是为了一个目的：让日本战犯流泪忏悔。结果，这些矮子们被放回国后，马上著书立说，基本最后都变成最凶狠的右翼势力。
从明初期的倭寇入侵可以见出，明朝“禁海”不是倭患的原因，而是倭患的结果。明廷当时并非断绝了市舶贸易，只是禁止沿海居民私自出海贸易，并非是“闭关锁国”。
“倭寇”大兴——嘉靖时代的巨患
自嘉靖中期开始，明朝沿海倭患忽然大增，无论是规模、数量以及入侵次数，宛若狂潮来袭。