老魏公公心狭，听说熊尚书这么一个大官连这点银子都舍不得出，非常生气。不久，他又打听到自己老对头汪文言替熊廷弼四处活动，灵感突现，决定以熊案为突破口，把朝中与自己作对的诸位带头人一网打尽。
先行一步，阉党的大理寺丞徐大化率先劾奏杨涟、左光斗“党同伐异”、招权纳贿。魏忠贤矫诏，先把二人抓起来。很快，汪文言被逮入狱。
主审此案的阉党许显纯、田尔耕等人捏造罪名，把御史周宗建、黄尊素等四人削籍。
阉党工部主事曹钦程出面，劾奏赵南星、高攀龙、黄尊素、魏大中等人收受贿赂。
崔呈秀急不可耐，向魏公公呈献《天鉴》、《同志》两部名单录，把叶向高列为东林党之首，《同志录》中，尽网陈宗器等词林部院卿寺等大臣，登名造册，以供阉党抓人有依有据。阉党王绍徽又献《点将录》，这个目录更是鲜活形象，以水浒一百单八将为蓝本，其“首领”为“天罡星”三十六人，托塔天王李三才、及时雨叶向高、浪子钱谦益、圣手书生文震孟、大刀杨涟、智多星缪昌期等；又有“地煞星”七十二人，包括神机军师顾大章、旱地忽律游大任等。
魏公公听人念这个，高兴得手舞足蹈。昔日在市井为无赖时，魏忠贤最爱听《水浒》、《三国》，如今有这么一个“点将录”，他不能不为之开颜。
可笑的是，魏忠贤拿王绍徽《点将录》给明熹宗看，这小伙子看见“托塔天王”四字，不知何解，他没听过《水浒》评书，自然不知这些绰号由来。魏公公来了精神，给皇帝大讲特讲起《水浒传》中“托塔天王”晁盖等人智劫“生辰钢”的故事。皇帝越听越入神，大叫“托塔天王真是神勇有智！”这一来，论事离题，怕皇帝对现实名录中的“托塔天王”东林党人等大臣产生联想的好感，魏忠贤此后再也不给天启帝《点将录》看。（史家研究，《点将录》很可能是阉党阮大铖代作，这位戏曲大家擅长此种东西，他自己上献魏公公《百官图》，更形象地以画图方式来教魏忠贤按部就班杀人。）
汪文言为人是条刚烈汉子，在狱中两个多月受尽常人想象不到的刑讯，至死不攀诬诸大臣。主审阉党许显纯力逼他指称杨涟受熊廷弼之贿，汪文言仰天大呼：“哎！世上岂有贪赃的杨大洪，天下人谁信！”大洪，乃杨涟别号。
汪文言不承认也不要紧，许显纯自己撰写“供词”，然后抓住已经被打死的汪文言手指往案卷上“按手印”。
天启五月（1625年）秋，杨涟、左光斗、周朝瑞、顾大章等先前劾奏魏忠贤最力的言官即被逮捕入北镇抚司。阉党许显纯备极楚毒，严刑拷掠诸人。
杨涟等人坚持不认罪。其间，左光斗对同牢的人说：“阉党杀我辈有两法，乘我等不服罪，严刑致我们死地；其二，在狱中暗害我们，慢慢报称我们是病死。不如我们现在先行认罪，执送法司，或可免于立死。”
诸人觉得有理，就暂时承认受贿的罪名。
坏人的卑鄙和阴险，超出一般君子的想象力。阉党早有心理准备，左光斗等人承认“受贿”，正好给了他们“追比”的机会。所谓“追比”，又称“杖比”，即犯人每次受杖刑，均定出下一次交出贿银的日期，到时候交不出，又会再以大杖伺候。一般是每五日一比，犯人只能被迫说出下一次交银日期。只要吐不出所承的受贿银两数目，就会五日一刑，无休止折磨下去。
身为朝臣武夫，阉党锦衣卫帮凶许显纯阴毒如蝎，他叱命昔日的这些同僚叠跪阶前，剥去衣服，裸体反接，戴枷受刑。杖打之后，又处以夹刑，日夜拷掠，惨毒无比。
打了十多天，诸人已经连跪都跪不住。均身荷百余斤大木枷匍伏于地受杖。
于是，二十多天后，先前首疏魏忠贤二十四大罪的杨涟先被拷掠死。死时土囊压身，两枚大铁钉贯耳，惨状让人不忍卒睹；紧接着，魏大中被打死，尸体溃烂，筋骨皆碎；接着，左光斗、周朝瑞等人相继被残杀。“辽案”主犯熊廷弼也被押入闹市，公开问斩。
熊廷弼被杀前肯定纳闷，怎么有这么多东林党人陪绑被杀？前些年熊廷弼在朝中当御史时，性刚好骂，专门与姚宗文等人排斥东林党人，他与这些东林党根本就不是“同路人”。
其后，阉党当廷杖死熊廷弼姻亲、御史吴裕中。对于被害诸臣家属，魏阉党人仍不放过，继续严刑求比。
根据吴应箕《熹朝忠节死臣列传》统计，死于魏忠贤阉党之手的，最早是被杖死的万燝；汪文言一案左光斗、杨涟等六人惨死；阉党李实诬奏致死的有周顺昌、高攀龙、李应升等七人；以逆党罪逮入狱中拷掠至死的有王元相等十六人；刘铎之因作诗嘲讽魏忠贤被杀于市；苏继欧等七人得罪阉党被缢死；赵南星在戍所被折磨死。
每弄死一个大臣，阉党许显纯就会剔取死者喉骨装入一小盒内，在封识上写清死者姓名，送交魏忠贤为验信。
紧接着，阉党疯狂在朝廷进行“大清除”，把不附于己的尚书李宗延、张问达以及侍郎公鼐等五十多正、副部级官员削逐出廷，朝署一空。吏部尚书赵南星被遣送振武卫劳改，并累死在戍所。赵南星与阉党魏广微父亲还是好友，他再入朝后待小魏以子侄辈之礼，激起魏广微私恨，竟致父亲老友于死地。
在窜逐异己的同时，魏忠贤遍植私人党羽于要津，所以，当时的朝廷，实为魏忠贤朝廷，他本人获得明熹宗赐印，文曰“顾命元臣”。客氏也有赐印，文曰“钦赐奉圣夫人”。大家甭以为这两块印最大不过是玉玺大小。不对，每块印用黄金铸成，重三百两。巨大金印，以老魏魁梧的体格，他自己都拿不起这块大金印。
明熹宗根本不知外朝之事，终日家人欢会一般与客氏、魏忠贤游玩。一次，皇帝本人在西苑湖面与两个小宦官划船玩，边玩边与岸上敞坐饮酒的魏、客二人笑乐招呼。忽然一阵风起，小船翻覆，明熹宗掉入水中。魏忠贤、客氏相顾错愕，不知如何是好。幸亏明熹宗会几下狗刨，扑腾上岸。两个小宦者旱鸭子，沉入水底淹死。这次很悬，明熹宗差点步昔日正德皇帝后尘。
气焰熏张，热火烹油，魏忠贤借助东厂特务机关，横行肆意，破家败户，凡是被他们盯上的，三族九宗，均顿成齑粉。一般官员百姓自不必讲，连宁安大长公主儿子李承恩这样的皇亲，由于魏公公贪图他家中御赐器物，便诬其偷盗宫中御物，逮起来弄死，然后把财物抄收后全部运入自己宅中。
同时，魏公公拔苗助长，竭力培植自己家族势力，以其侄魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事；以其侄魏希孟为锦衣同知，控制锦衣卫；以其族叔魏志德其外甥傅之琮、冯继先为都督佥事，掌御林军；内廷太监方面，王体乾、李朝钦等三十余人对他“热烈拥护”；外廷方面，文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕出坏主意，外号“五虎”；武臣有田尔耕、许显纯、崔应元、孙云鹤、杨寰等负责杀人清除异己，号“五彪”；又有吏部尚书周应秋等人管“组织人事”，号“十狗”；又有“十孩儿”、“四十孙”等名号，不可数计。自内阁、六部至四方总督巡抚，魏忠贤皆遍布死党，内外大权，一归于魏忠贤一人之手。
其间好笑的是，阉党太仆少卿曹钦程与诸人关系不睦，被削籍为民，排挤出朝。老曹辞行，到魏忠贤面前哭辞：“君臣之义已绝，父子之恩难忘！”魏公公心中厌恶此人，迎头一口大浓痰，老曹狼狈踉跄而去。魏忠贤败后，曹钦程被下狱论死，关在牢中好多年，其家人不送饭给他。老曹天天抢夺其他同牢囚犯的伙食，终日醉饱。李自成攻破北京，曹钦程破狱投降，最后随闯贼败走，不知所终。
为了进一步打击东林党人，魏忠贤又让阉党阁臣顾秉谦总裁，会修《三朝要典》，详细记述“红丸案”、“梃击案”、“移宫案”，想把“三案”颠倒黑白，铸成铁案。
天启六年，锦衣卫去苏州逮捕吏部主事周顺昌时，由于缇骑霸横，周顺昌民望又好，市民颜佩韦等人率众勇为，打死缇骑特务三人，几乎酿成一次大的民变。当然，最后周顺昌以及要救他的颜佩韦等五烈人皆被杀。中学课本中的《五人墓碑记》，详细地记载了这件事情的始末。
此类民变也是一个苗头，说明明王朝的统治，确有日薄西山之感。基层百姓心中的怨恨，皆如火山内的熔浆一样，蓄势待发。
一改以前太监上疏自称“奴婢”的称呼，魏忠贤自称“臣”；一改以前宦者称皇帝为“万岁爷”，魏忠贤改称“皇上”、“陛下”，把自己这种公公等同于外廷大臣。
而且，此时的魏忠贤，已经被宫内宦官们称为“九千岁”，只要是逢他生日，“千岁、千岁、千千岁”之声，轰响若雷，在禁宫中经久回荡。外廷大臣更有无耻者，拜见魏公公时称谀他为“九千九百岁”，比皇帝只差“一百岁”。
为了宣示威仪，每次外出，魏忠贤均乘坐华丽异常的羽幢青盖文轩车，四匹如龙骏马拉引，周遭握刀骑卫锦衣卫列侍，加上优伶、百戏、厨传，下人等杂役人等，随从万人左右。魏公公喜爱大戏一样的排场，途中铙鼓雷鸣，敲敲打打，吹吹奏奏，烟尘避天，旗帜匝地，道旁行人总误会是天子驾到。
魏公公老姘头客氏当仁不让。每次出行，盛服靓妆，几十岁的老娘们描眉涂眼，打粉打腮，有太监王朝忠等数十人皆腰缠红玉带作前驱，随从甚盛。