所以，崇祯十三年看似空前的“自然灾害”，实则是加派“练饷”敛赋“大跃进”的人祸。如此，精兵没练成，更多的农民逃亡，不少人加入贼军，明政府实际是得不偿失。
清兵进犯的压力减弱后，明廷注意力自然转向在谷城附近“就抚”的张献忠等部农民军，暗中调兵遣将，准备一劳永逸解决掉这群人。
张献忠大奸巨滑之人，在政府军内多有耳目，他来个先发制人，在崇祯十二年夏五月重新造反，攻占了谷城县城。罗汝才等部农民军闻讯响应，几路合军，打下房县。
惟一可幸的是，均州一带投降官军的王光恩等五部首领耻于反复，歃血为盟，效忠朝廷，这才保证了均州的安全。
收受张献忠无数金银财宝的“总理”熊文灿听说贼军复反，五雷轰顶，慌忙派左良玉部自襄阳出发杀向房县。
此部明军粮食供应匮乏，一路上除杀马外，不得不采摘野果充饥。明军苦行军十天抵达房县，在播箕寨正落入张献忠的埋伏圈，一万多人被打死。左良玉命大，仅带千把人逃出。均州部分早先“投降”的农民军闻官军败讯，除王光恩一人外，余皆叛去。
崇祯帝气得发疯，立即削去熊文灿官职，逮之下狱。老熊坐在狱中几乎后悔死，又撞墙又扇自己耳光，后悔自己在太监公公面前讲大话。不然的话，他现在正在两广安享荣华富贵。
杨嗣昌人精，当然不会再保他（当然，当疏中杨嗣昌也说熊文灿“劳苦功高”，实际上是私庇老熊以哄衬自己无过）。
熊文灿被关一年多，问成死罪，秋决时押赴西市砍头。
思来想去，觉得流贼复炽闹得遍地燎原太伤脑筋，臣子中实在无合适人才可用，崇祯帝就直接批示给“心肝宝贝”杨嗣昌，让他以阁臣身份（其兵部尚书一职当时由前四川巡抚傅宗龙代任）出朝督军，任剿贼“前线总指挥”。
在朝内“诸葛亮”了好几年，多处大误皇帝没加追究，现在指派自己出去干事，杨嗣昌还真不好也不能借辞推托。他急趋宫内，丑表功作忠勇状，奏称：“君言不宿于家，臣朝受命，夕启行！”
崇祯皇帝闻言大悦：“卿能如此，朕复何忧！”
君臣二人上演一场让人“感动”的好戏。
转天，崇祯下诏赏赐杨嗣昌金银帛缎大笔，并赐宴送行，亲手斟酒三杯，御赐赠诗：“盐梅今暂作干城，上将威严细柳营。一扫寇氛从此靖，还期教养遂民生。”盐梅乃人生不可或缺之物，比拟宰相（内阁大学士），意即指老杨以相爷之尊出为大将，可立汉朝周亚夫（其营上曰“细柳”）那样的不世功勋，并希望他一举成功，回朝后仍旧辅帝教养民生。
为臣子送行斟酒赐诗，崇祯帝一朝为开天辟地头一回。杨嗣昌感动得边拜边泣，誓要成功。临别，他又获皇帝赐膳。
于是，杨嗣昌威风凛凛，杀气腾腾，率军高举“盐梅上将“的旗标，浩浩荡荡从北京出发，直达襄阳城。
阴历八月二十九日，杨嗣昌在襄阳建大本营。十月初一，大誓三军，湖广巡抚方孔诏、总兵左良玉、陈洪范等人咸来拜见听命。
由于左良玉言辞慷慨，能言善论，杨嗣昌对这个武夫很是欣赏，上疏崇祯帝准备专门让他挂“平贼将军印”，予以殊荣，一来可以以将制将，二来买好弄人情让左良玉这块料日后为自己卖命。
左良玉得到崇祯皇帝从大内发出的“平贼将军”印，打了强心针一般，出奇的卖命，不听从杨嗣昌让他把主力集结于兴安（陕西安康）一带的命令，集合生力军从渔渡直入四川，在太平玛瑙山（今四川万源县境内）把张献忠打得大败。老张本人的家眷七人也被官军活捉。
张献忠大贼头一败再败，一个月后，他在逃跑途中遭陕西官军贺人龙部截杀，其左右营将率两千多人投降。仓皇之下，张献忠只能窜入深山老林，大猩猩一样以摘采野果度日，身边仅有残卒数百人。
杨嗣昌闻报，也来了精神，死催左良玉“宜将剩勇追穷寇”，让他一举歼绝张献忠残部。
左良玉悍将，自恃有智有功，根本不听调遣，高卧营帐，再不肯派兵穷搜山林密谷。
杨嗣昌狭隘小人，立刻写信给当时朝中的兵部尚书陈新甲，建议以陕西总兵贺人龙代左良玉挂“平贼将军”印。此印很有威力，谁挂此印谁就可以“总统诸部”，平级的将官也要听挂印人指挥。崇祯帝对杨嗣昌言听计从，下诏照准。
但杨嗣昌胸无主骨，觉得临阵易将是战争大忌，就又改变主意，上报朝廷要求收回成命。
这一来，他把两个人都得罪：左良玉恨他有夺印之心，贺人龙恨他说话不算空放屁。如此之后，兵将与统帅各携贰心，谁都不卖力征剿，大贼张献忠终于得逃性命，遁至湖北一带躲藏起来。
崇祯十三年，连连大败的罗汝才（曹操）与张献忠残兵会合，商议过后，两人达成一致意见，觉得湖北官军云集，只有逃入四川才有生路。
杨嗣昌得报，立刻发文让四川方国安部官军“迎头痛击”这两股人数仅三四千的农民军。但是，农民军脚快，先于方国安部下渡过昌江。当时，守净堡的川军有五千之多，全都龟缩于山顶，避敌不战，张献忠、罗汝才军得以从容入川。
本来，杨嗣昌原有计划是驱敌入川，他以为蜀地峻山险壑，贼军被逼入后可以陷其死敌。岂料，张献忠、罗汝才等人入川后反而如鱼得水，更加势盛（详情见本书《徒持金戈挽落晖》）。
四川处处陷没，贼势大炽，川抚邵捷春及陕西总督郑崇俭充当替罪羊，一个被杀头，一个被革职。
在四川烧杀劫掠了小半年的张献忠等部农民军士气高昂，他们于崇祯十四年年底，拖着数部官军转来绕去玩了好久之后，准备掉头再入湖广。
明将猛如虎在开县黄侯城追赶张献忠，求功心切，他不顾手下兵疲将惰，挥军进攻。结果，官军大败，猛如虎的子侄均陷没于阵。
左良玉由于深恨杨嗣昌，完全不听命，本来他应该出湖北郧阳入川堵住贼军，但他却指挥部下军队向陕西兴安开进，故意避开张献忠。
农民军乘胜，出夔门经巫山重回湖北。
张献忠部农民军急行军抵襄阳后，获知襄阳城内防守军人数很少，就精选二十骑化妆成官军模样，持从明军处缴得的符信进入襄阳。
阴历二月初四夜间，这二十个人在城内首先持刀砍杀守门士兵，然后大呼喊杀，先前埋伏于城内的百十号人乘势而起，四处纵火，襄阳城内火光冲天。城内大乱惊扰，城外贼军大部队从洞开无人守备的城门一涌而入，杨嗣昌苦心经营、号称铜墙铁壁的坚城，一夕即为张献忠所有。其间军资储备堆如山积，至此全部成为张献忠的战利品。数千守军，仓猝不及战，一时间解甲投降。
张献忠在宏丽壮伟的襄阳王宫倨坐，唤人把已经吓得软成一摊泥的襄阳王朱翊铭押至堂上，自己亲自斟满一杯酒，狞笑着走下座位，说：“王爷，我其实不恨你，也不想杀你，只想杀杨嗣昌。此人远在蜀地，我一时杀他不得，只能借您项上人头一用，杨嗣昌就会因犯‘陷藩’之罪被杀。王爷走好，请尽饮此酒。”
襄阳王哆哆嗦嗦端过酒杯，刚一低头欲饮，张献忠抽出钢刀，猛挥之下，王爷身首异处。然后，张献忠从兵士手中接过火把，反扔入帷幕，一把大火把襄阳王府烧成白地。同时，他下令杀贵阳王朱常法以及襄阳府中所有男女眷属，尽掠宫女为营妓，日夜供弟兄们奸淫，开拔前皆杀而食之。
为显示自己的“仁义”，张献忠临走前开库，放银十五万两赈济饥民。
在此一个月前，李自成在河南刚刚杀掉福王朱常洵。
河南本来是富有之乡，但连年灾害，加之明廷七藩封于此地，土地高度集中，贫困人民非死即逃，有力气有胆识的就扯旗造反。
李自成进入河南之始，手下仅有一千左右兵士，势单力薄。由于明朝官府强敛赋税，当地人难忍官府压榨纷纷造反，几个月就发展到数万人，农民军一举攻克宜阳、永宁、偃师、灵宝、宝丰等地，杀明朝宗室万安王以及各县官员数百人。也恰恰在此时，宋献策和牛金星这两个“知识分子”加入了李自成农民军。牛金星是犯法被贬戍的“举人”，宋献策是江湖术士，二人深受重用。特别是宋献策，首献“十八子主神器”谶语，让李自成极感高兴：“姓李的该当皇上了！”至于姚雪垠先生小说中极力渲染的李岩，历史上应该没有这个“实人”，仅靠历史笔记中的矛盾记载混编而成。
农民军在河南攻掠，最大目标自然是洛阳的福王朱常洵。此人乃明神宗第三子，是宠妃郑贵妃所生，他在当时几乎夺了明光宗当时的太子之位。明末“三案”，追根溯源，皆与此人与其母大有关系。
万历二十九年，明神宗封此爱子为福王，婚费达三十万金，在洛阳修盖壮丽王府，超出一般王制十倍的花费。亿万钱财，皆入福王藩围，神宗皇帝一次就赐田四万余顷。就国之后，福王横征暴敛，侵渔小民，千方百计搜刮，坏事做绝。崇祯即位后，因这位福王是帝室尊属，对他很是礼敬。
这位重达三百斤的肥王爷终日闭阁畅饮美酒，遍淫女娼，花天酒地，也算韬光养晦吧。陕西流贼猖炽之时，河南又连年旱蝗大灾，人民相食，福王不闻不问，仍旧收敛赋税，连基本的赈济样子都不表示一下。