八月五日上午，白崇禧由曹士澂陪同，召集法庭庭长石美瑜，法官叶在增、葛召荣、李之庆、宋书同，检察官陈光虞，书记官张体坤，以及指定辩护人梅祖芳、张仁德律师等人开会，专题研究调查谷寿夫在南京大屠杀中的犯罪事实问题。
会上，这位自称壮族化，又自称汉族化的回族高级将领微笑着说：
“委座对谷寿夫的审判很重视，嘱咐我直接过问。告诉诸位，谷寿夫很不好对付。两个小时前，梅汝璈先生与我通了次电话，他告诉我，谷寿夫在东京的两次预审中，由于他的辩护律师有意为他开脱罪责，他的态度极为顽固。因此，我们一定要拿出大量的、使罪犯无法辩驳的事实来，让他在铁证如山的事实面前低头认罪。”
他拿起一份战犯罪证案卷翻了翻：“这是谷寿夫在东京接受预审的记录，其中有原日军驻华中派遣军总司令、对南京大屠杀负有首要责任的松井石根与谷寿夫面对面的揭发，以及第十六师团长中岛贞雄对谷寿夫的犯罪揭发。你们经过调查研究之后，才能确定哪些揭发事实可作为量刑依据。”
白崇禧面向坐在他右边的石美瑜：“调查怎样进行，请可珍先生具体安排。”
石美瑜号可珍，福建闽县人，二十岁毕业于福建法政专科学校，先在江苏高等法院刑事庭任推事，一年前提升为庭长，三个月前调任南京军事法庭少将庭长，级别高了，声望也高了，总感到自己拥有个完整的世界。他说：
“有白部长的直接指导，有曹主任的亲自过间，有在座诸位同仁的协同努力，我们的工作一定能够顺利开展。我的意见，成立四个小组，分别调查南京大屠杀中的受害者和目睹者；搜集当时中外记者和其他中外人士的有关报道、著述和影片资料；查阅原首都地方法院的有关调查报告；挖掘中华门外的那个万人坑。”
他恭顺地望着白崇禧：“白部长！你看这样安排妥不妥？”
他把视线移向曹士澂：“曹主任！你看这样安排行不行？”
曹士澂说：“我们都听白部长的。”
“我看可以。”白崇禧说，“希望诸位以对得起祖国，对得起死难同胞的高度负责精神开展工作。”
调查进行约五个月，时间已进入到一九四七年一月八日，这天，白崇禧单独接见石美瑜，要他汇报谷寿夫犯罪调查情况，石美瑜发现，白崇禧情绪沮丧。这是因为他刚从吃了败仗的定陶战役前线回来。是役国民党军四个旅计四万一千多人被歼灭，整编第三师师长赵锡田以下一万五千多官兵当了解放军的俘虏，总计损失兵力五万六千多人。
白崇禧脸上略带很不自然的笑容。他说：
“昨天，我收到商震先生写给国防部的工作报告，因与中国对战犯的审判息息相关，有必要将一些情况告诉可珍先生。从商先生的报告看，五个多月以来，远东国际军事法庭的工作没有什么进展，原因是四十多名甲级战犯嫌疑犯的辩护律师无孔不入，无隙不乘，无所不用其极，千方百计为被告开脱罪责，对本来可以作为量刑依据的罪证材料，横挑鼻子竖挑眼，说这也可疑，那也不可信。这可就辛苦了国际法庭的法官们！他们只好又进行调查。因此，曾经来中国作过调查的格伦斯基先生，又率领五十多位法官和翻译人员，于一个星期前第二次来到中国，对一批与中国有关的战犯，如广田弘毅、东条英机、小矶国昭、松井石根、土肥原贤二、畑俊六、西尾寿造、多田骏等二十余人，在中国的犯罪行为再进行调查。”
“这些辩护律师是国际法庭指派的，还是被告自己聘请的？”石美瑜感到不可思议，“他们为什么要包庇罪犯？”
东京审判战犯条例规定，每个被告可以聘请两名辩护律师，其中一名为日本人，另一名可以在国际法庭聘请。因被告们知道东京审判大权操纵在美国手里，故他们全聘请美国人。
白崇禧说：“商先生在报告里说，辩护律师是一名日本人和一名美国人。他们之所以从中作梗，是妄图包庇罪犯，复活日本军国主义，但这件事涉及到盟邦美国，请曹先生不要外传。委座说了，盟邦正从军事上和经济上帮助我们消灭共产党，说话不要有损盟邦形象，千万千万。”
他接着说：“各国对乙、丙级战犯的引渡工作也不那么顺利，但不管怎样，我们还是又引渡了三批战犯来中国受审，其中由南京军事法庭直接审判的战犯就有三百五十多人。你们的任务很繁重。因此，对谷寿夫的审判要抓紧。”
石美瑜说：“对谷寿夫的犯罪调查已经结束。这次调查得到许多外国朋友的热情支持，南京人民的支持更不用说了。比如去年十二月十八日那天，调查组来到雨花路南京市第十一区区公所进行调查时，正下着大雪，但人们冒着严寒扶老携幼，夫哭妻或妻哭夫，子哭父或父哭子，以及父母共哭其子女，前往控诉谷寿夫的罪行，人数竟达一千人之多！”
他说：“现在，曹主任和三名监审官正在审读谷寿夫的罪证材料，估计再过几天，一月中旬可以开庭审判谷寿夫。”
“好！”白崇禧点点头，“总之，要抓紧。”
一月十二日上午，曹士澂和石美瑜与三个监审官，聚集在战犯处理委员会小会议室，研究哪天开庭审判谷寿夫。曹士澂说：
“现在，我们已掌握了大量铁证如山的谷寿夫犯罪材料，可以开庭审判他了，我的意见，开庭时间定于一月十四日。诸位的意见呢？”
赫怕特显得傲慢地把雪前烟伸向烟灰缸里弹了弹灰，问道：“中国朋友的意见，是判处谷寿夫的死刑还是无期徒刑？”
曹士澂说：“关于谷寿夫的犯罪材料，三位美国朋友都看了，真是罄竹难书！我们的意见，是判处他的死刑。”
阿尔达克的话，更出乎曹士澂的意料之外：“没理由判处谷寿夫的死刑。原因是，国际法庭定松井石根为甲级战犯，是以他是南京大屠杀首要罪犯起诉的，既然松井是首犯，谷寿夫的犯罪就摆在次要位置上了。历来的法律都有这么一条，首恶必办，胁从不问。”
石美瑜想起美国律师与日本律师狼狈为奸，在东京为战犯开脱罪责的事，像打量怪物似的望了三个美国人一眼，说道：“谷寿夫不是胁从者，而是南京大屠杀的主犯！”
霍西冷笑着说：“日军进攻南京时，松井石根是指挥九个师团的总司令，谷寿夫只是个师团长，南京大屠杀的主犯应该是松井，决不是谷寿夫。因此，只能判谷寿夫有期徒刑，判个三年五年吧！”
曹士澂很气愤，但话说得心平气和：“南京大屠杀，松井石根和谷寿夫各有各的罪行。这次屠杀，谷寿夫是具体指挥者，而松井丝毫不加制止，犯有纵容杀人罪。松井是首犯，谷寿夫是主犯。”
“不必玩弄文字游戏了，首犯与主犯有什么区别？”赫伯特偏着满头棕发的脑袋，望望曹士澂，又望望石美瑜。
“大有区别。”曹士澂说，“首，是第一，如罪魁祸首；主，是负主要责任，如主持和主办，我们认为松井应判处死刑，谷寿夫同样应该判处死刑！”
“不，不！”赫伯特执拗他说，“对谷寿夫，顶多判他五年徒刑，我们不能作复仇主义者！”
因为蒋介石有吩咐，“工作中要多多听取三位监审官的意见”，曹士澂只好说：“我们负责把三位监审官的意见，如实向国防部汇报。”
于是，曹士澂去请示白崇禧。白崇禧也做不了主，去请示蒋介石。这回，蒋介石听了白崇禧的汇报，还记得自己是中国人，腰杆子硬了起来：
“那个谷寿夫，唵，在南京杀害了几十万中国人，罪不容诛，不能听三个监审官的，非判处他的死刑不可，唵！”
正当准备开庭审判谷寿夫时，他却因心脏病复发而卧床不起，只好将审判时间推迟到他病愈之后的二月二十五日。现在是三月十日上午的最后一次开庭，加上在南京的五次预审，这是第六次审判。
法庭设在南京中山路励志社礼堂。悬挂在审判厅上方的横幅写着：
公审南京大屠杀主犯谷寿夫！
两根柱子贴着将岳飞《满江红》里的名句改动两个字的对联：
壮志饥餐胡虏肉；
笑谈渴饮倭寇血。
台上第一排座位上坐着石美瑜、陈光虞、张体坤等七名身着黑色法衣的法官，第二排坐着出庭作证的中外人士和两名指定辩护人。监审官赫伯特、阿尔达克和霍西，因为手中的指挥棒失灵，心里不是滋味，没有到庭，台下坐着中外记者和听众一千五百多人。
八点二十分，暂时被解除手铐的谷寿夫，由四名法警押上法庭。他头戴深灰色礼帽，身着从东京带来一直没有穿过的土黄色呢料军服，两手戴着白色手套，嘴上的仁丹胡也着意修理过。从他的这副打扮和表情看，仿佛是出席朋友的宴会似的。其实，他是想给中国人留下一个临死不屈的形象，但是，这在中国人看来，他是个厚颜无耻的形象，一个令人看了感到恶心的形象，很像一只在强烈的阳光照射下吓得魂不附体的猫头鹰。然而，他又不得不承认自己是战争罪犯，抬头望了望台上的横幅和对联，取下礼帽向台上一鞠躬，又向台下一鞠躬，然后将礼帽提在右腿旁，转过身去面向台上站着。
八点十三分，石美瑜在庄严肃穆的气氛中，神色肃然地宣布开庭。顿时，全场鸦雀无声，仿佛法庭突然变得非常宽阔起来。