同年，著名的教授詹姆斯金斯利创办了曲达塞塔协会，目的是促进人们对于文学的兴趣。只有四年级最优秀的作者才能被选为会员。曲达塞塔每隔一个星期的星期二晚上聚会，内容是朗读和讨论文章，地点通常设在金斯利的家中。1831届的19位成员创办了菲尔高莱恩协会，也叫菲阿尔法。菲阿尔法协会存在了两年时间，每周在奥林奇大街的一个屋子聚会，目的是增进会员的即席演讲能力。菲阿尔法一直保持着神秘色彩。所有的会员都必须背诵以下的誓言：“在见证人面前，你和你们中的每一个人以自己的名誉发誓，你们将永不直接或间接地背叛、公开、揭露协会的人和规章、仪式和交易。”
到了19世纪30年代，文学社团开始渐趋式微。利诺尼亚和兄弟联盟都在1872年解散，当时它们的图书馆被移交给大学图书馆，直到今天，大学图书馆一个很受学生欢迎、舒适的阅览室中还保存着标有“l&b”（即利诺尼亚和兄弟联盟的首字母缩略——译者注）的藏书。文学社团逐渐失去了学生的欢迎，尽管这是由于学生们已经有如此多的新机会可以加入其他组织，从而给自己一种归属感，但不可否认的是导致文学社团消亡的直接原因是一种更隐秘、更排他的耶鲁组织使它们黯然失色：那就是班级秘密协会。
骷髅协会就是第一支此类协会。该协会成立于1832年，只招收4年级学生。协会由15名经秘密选举产生的会员组成。会员定期聚会——很快该协会就激起了学院的好奇。到了1840年，每个班至少都有一个协会。到19世纪后期，学院主要由三个著名的秘密高年级协会控制着，即骷髅协会、卷轴和钥匙协会以及狼首协会。这些协会努力强调年级差异是耶鲁经历最重要的组成部分，尽管当时“修理”制度已经开始衰落。但这些协会积极地控制会员身份，排除许多申请者，从而进一步缩小了差异，而这是那些大协会所未曾尝试过的。突然间，对于耶鲁的大学生来说，赢得辩论赛的冠军、在运动场上获胜或以优异成绩毕业已经不够了。这些协会很快就成了在耶鲁攀上成功顶峰的象征，大学生都希望加入。
很快，教师们就开始觉得自己也希望加入此类协会。在骷髅协会成立六年后，六位有名望的纽黑文当地居民，包括乔赛亚威拉德吉布和西奥多德怀特伍尔西成立了一个名为“俱乐部”的组织，这是一个为耶鲁教师中的精英分子所成立的社团，起初的目标会员也包括纽黑文知识阶层中的上层人物。一些外面的人称其为“老男人俱乐部”。这个俱乐部给大学的社交和知识精英们提供了25个终生的会员资格（会员的家属通常把该组织称为“老绅士俱乐部”）。最终成员中加入了包括威廉霍华德塔夫脱（1909至1913年美国总统——译者注）、后来担任康涅狄格州首席大法官的西梅翁鲍德温、学者托马斯贝尔然、神经外科大夫哈维库什和骷髅协会的创始人威廉鲁塞尔。
聚会每两周举行一次，内容包括晚宴——通常是扇贝牡蛎、冷舌、饼干、发酵饼、茶和咖啡——以及开发智力的讨论，主题包括1856年的“知识分子应该如何对待奴隶制”和1947年的“正前额脑白质切除术”。主持聚会的会员通常在家里举行讨论活动，他会按照人们的座位顺序请他们依次就给定的主题发表自己的观点。
“俱乐部”对学院具有极大的影响力。这主要是因为，至少在1963年之前，该组织三分之二的成员是或者曾经担任过学校管理人员。实际上，在一些场合，这个排外型组织的成员具体讨论的就是耶鲁大学的问题，他们在没有其他教师和校方管理人员的情况下得出结论并且操纵着该方案的实施结果。“‘俱乐部’从来没有打算对外部采取行动或施加影响，而只不过是提供愉快的社交机会和知识接触的条件。”“俱乐部”的历史学家试图为该组织编写一本书。“但是情况的本质是当其成员在晚餐前后随意聊天时，他们以这种非正式的方式做出了一些和社团无关但肯定和大学有关的决定。”此外，据会上还会对一些争议性不那么强的问题进行严肃讨论，比如“马蹄从三趾形到单趾形的发展”。
当时间进入20世纪，尽管耶鲁也会经历许多变革，然而其核心和气氛几乎是不会随着时间而改变的。1951年，《时代》杂志在耶鲁250周年庆典上这样写道：有意无意的，耶鲁的传统是等其他人领头，观察他们的行动，然后从中选择自己的道路。这样一来，如果说其进展速度不快，这也是经过了挑选，一般来说可靠的方案。如果其增加了一些新领域，它至少也曾牢固坚守过那些古老和可靠的原则。有一个词叫“保守主义的胜利”，从建校的最早年开始，耶鲁可以说一直名符其实地坚守着这个信条。
更早些时候，1885年，《国家》杂志注意到了这种保守主义的趋势，它这样写道：耶鲁相当牢固地坚守着成立之初的原则。耶鲁仍然是一所主要由一个州同一教派的一些牧师管理着的学府。那些信奉旧理论的人坚持认为担任耶鲁校长的首要条件是他必须是“正统”教会的神职人员。保守的群体在选举新校长时可以保留自己的观念，但是他们只不过是在推迟不可避免的潮流趋势。一所伟大的现代学府不可能永远按照殖民地时期的神学院模式来运行。
注：“俱乐部”今天依然存在。“星期六上午俱乐部”也存在，后者是125年前为教师的女儿们所创建的一个组织。现在该组织全部由女性会员组成、会员数量限定为大约20人，主要是活跃的教授和教师的配偶。“星期六上午俱乐部”每年大约聚会八次，会上举办演讲和展示活动。
第1章壮观的排场：耶鲁的奥秘“见鬼去吧”
事实也许并非如此，但是耶鲁确实会顽固地试图保持过去的面貌——并且培养出同类型的学生。1913年，《耶鲁每日新闻》的主编谴责“耶鲁类型”，即那些衣着和行为举止得体，“丝毫没有冒犯他人的气质，但正因如此，反而令人不愉快”，而且不会独立思考的那群人。“耶鲁的大学生忽视了思考的艺术，比他们忽视撒哈拉沙漠中凄凉的沙粒的程度还深。”这位主编写道，“它的精神力量几乎和原创的耶鲁《牛头犬之歌》（曾经就读于耶鲁的科尔波特为校足球队所创作的著名歌曲——译者注）一样。”1923年，厄普顿辛克莱（美国著名作家，其小说《龙齿》曾获1942年普利策奖——译者注）在《正步走》一书中写道有一种明确的指示称“这就是耶鲁的行为方式”，而对那些尝试其他行为方式的人则怀有轻蔑态度。他特别批评那些协会，认为它们没有“给标新立异的创新思维留下任何一丝空间。”甚至骷髅会员威廉巴克利也在他1951年出版的《耶鲁的上帝和男人》一书中批评说，“尽管耶鲁有给人留下深刻印象的自命不凡之处，耶鲁（我想其他大多数其他学院和大学也一样）确实接受一种正统理念：这些理念是一些界限，教师们要想得到‘容忍’，他们的观点不得逾越这些界限。”
耶鲁从不否认自己的同一性，也从未对此表示过歉意。在1935年的毕业典礼上，詹姆斯罗兰安格尔校长警告学生们说，他们在大学期间养成的不愿改变的习惯在他们毕业后只会得到加强。他说，“现在你们已经是耶鲁的校友了，你们的保守主义在大多数情况下将立刻被提高到最高的力量。在你们看来，你们在耶鲁期间所没有做过的任何事情将显得缺乏理智，而且可以被证明是邪恶的。”一年后的毕业典礼上，他发表了更为直率的观点，“你们已经做了10分钟的校友了，你们的灵魂已经开始逐渐产生意识，也许是无意识的，你们已经知道，在耶鲁，仇视一切变革的典型态度是毕业生最可爱、但也最令人恼火的品质。”
1952年，乔治皮尔逊将耶鲁的态度描绘为顺从和竞争之间互相冲突的训令。他写道：耶鲁顺从了，这一点是毫无疑义的。一个真正的耶鲁人在耶鲁的目的并不仅仅是为了他能从这儿获得什么。甚至可以说他不是在那儿出于独立自主或者培养特立独行的观点的目的而接受教育。在更现代西方的一些教育机构里，任何古老的东西都会自动受到怀疑。正如一位哈佛的编辑坦率地指出，在剑桥大学，一个哈佛的人往往容易过于我行我素，以至于团队合作和协作的努力经常是不可能的。但是在耶鲁，个人主义是不受到鼓励的。学院的情绪和传统都反对个人主义。在同学们的心目中，一个人的合作比他提出的批评意见要重要得多。标新立异的观念会受到质疑，而且，超出了可容忍限度的奇装异服和怪异的举止也会招致人们的不满。要想在耶鲁成功，人们必须避免标新立异，必须结交朋友，做一些实际的事情。无论一个人怎样行为或潜在的动机是多么蓄意，前提始终是一致的，那就是：“走出去”做一些具体的事情是为了学校的繁荣。
大约四分之一个世纪之后，布鲁克马瑟凯利表达了类似的观点：“很明显，耶鲁过去太传统，太顺从，太属于过去的年代了。精心设计的体系变得衰落并且开始解体……课外的业余生活变得比任何事情都重要。”
1926年，耶鲁管理委员会同意结束长期以来强制要求学生们参加教会仪式的传统。