慈禧欲废阿鲁特氏之心才作罢，但却由此深恨惇亲王奕。
阿鲁特氏性格耿直，不善逢迎。她认为自己是堂堂正正从大清门迎娶的皇后，只要自己行得端，做得正，没必要阿谀奉承，溜须拍马。而且，她有意无意地几次刺激、激怒慈禧，致使矛盾更加尖锐。一次，阿鲁特氏陪慈禧看戏，“演淫秽戏剧，则回首面壁不欲观，慈禧累谕之，不从，已恨之”。一来阿鲁特氏表现得不听话，不顺从，二来反衬出慈禧好淫乐，格调低俗，从而加深了对阿鲁特氏的怨恨。阿鲁特氏身边的人劝她要处处讨慈禧欢心，要善逢迎，只有和皇太后搞好关系才能保住自己的位子，否则于己不利。阿鲁特氏则表示：“敬则可，则不可。我乃奉天地祖宗之命，由大清门迎入者，非轻易能动摇也。”慈禧是通过选秀女进入皇宫的，最忌讳别人提从大清门而入，大清门是她心头永远的痛。有人将阿鲁特氏的话偷偷地告诉了慈禧，慈禧勃然大怒，认为是故意蔑视自己，因而对阿鲁特氏“更切齿痛恨，由是有死之之心矣”。
关于慈禧为什么不喜欢阿鲁特氏，最后将她逼上绝路，还有其他一些说法。
有人说因为阿鲁特氏是郑亲王端华的外孙女。端华是咸丰帝临死时任命的赞襄政务八大臣中的主要成员之一，是慈禧的死对头，后被朝廷赐死。慈禧因而迁恨阿鲁特氏。
还有人说，慈禧闻知阿鲁特氏怀了孕，怕生了皇子，立为嗣，阿鲁特氏就成了皇太后，自己就不能垂帘听政了
第六部分备受婆母虐待的皇后——孝哲皇后(3)
还有的说，慈禧怕阿鲁特氏把自己违背同治帝遗诏立皇子的秘密揭发出来，故将她置于死地。
同治帝《患天花进药档》
同治十三年（1874）十二月五日，同治帝英年早逝。14天后，两宫皇太后发出懿旨：“
皇后作配大行皇帝，懋著坤仪，著封为嘉顺皇后。”光绪元年（1875）二月二十日寅刻，阿鲁特氏崩逝于储秀宫，年仅22岁，距同治帝死仅75天。
阿鲁特氏为什么要死，其原因有两个：一是*山已无，生路邈茫。同治皇帝是阿鲁特氏惟一的*山和希望。在同治帝活着的时候，尚备受慈禧的虐待和凌辱，同治帝死了，*山也就倒了，生活的希望破灭了。二是处境尴尬。同治帝死后，慈禧不为他立嗣，却立同治帝的堂弟载湉（也是慈禧外甥）为嗣皇帝，承继咸丰帝为子，这就将阿鲁特氏置于处境尴尬的皇嫂之位，既不是皇太后，又失去了原来中宫皇后拥有的权力和尊贵地位。将来光绪帝立后以后，阿鲁特氏的地位更为尴尬，这是有清以来从来没有出现过的角色，这在客观上把阿鲁特氏推向了绝路。
碧玉孝哲毅皇后谥册
阿鲁特氏死亡当天，两宫皇太后谕内阁：“嘉顺皇后于同治十一年作配大行皇帝，正位中宫，淑慎柔嘉，壸仪足式。侍奉两宫皇太后，承颜顺志，孝敬无违，上年十二月痛经大行皇帝龙驭上宾，毁伤过甚，遂抱沉疴，遽于本日寅刻崩逝，哀痛实深。”这是清廷官方公布的死因，但说得含糊不清，难以让人信服。
阿鲁特氏年仅22岁，平时也没有什么病，怎么会突然死去呢？很显然不是正常死亡。关于她是怎么死的，在当时就众说纷纭，莫衷一是。概括起来，有四种说法：
吞金而死。这种说法比较广泛，影响较大。
绝食而死。《李鸿藻先生年谱》载：“其后之崩，盖绝食也。”《清代纪事年表》、《庸盦笔记》等也持这种说法。
吞鸦片而死。《清室外纪》持这种说法。
服毒药而死。《德宗承统私纪》如此记载。
无论哪种死法，均属于自杀。据说在阿鲁特氏自杀之前，她的父亲崇绮进宫去看望她。见女儿整日以泪洗面，痛不欲生，眼睛都哭肿了，于是上奏慈禧，请示应该如何办。慈禧说：“皇后如此悲痛，即可随大行皇帝去罢。”意思就是皇后可以殉夫。这时正巧女儿写来了一张字条，征询她现在应该怎么办，崇绮便在字条上批了一个“死”字。未几，阿鲁特氏便死了。
夫妻同穴，葬后劫难
阿鲁特氏死后，因同治帝的惠陵刚刚择吉营建，所以她和同治帝的梓宫暂安于东陵的隆福寺。光绪元年（1875）九月十八日，光绪帝奉两宫皇太后亲自护送梓宫到东陵隆福寺，在那里停放了三年半
第六部分备受婆母虐待的皇后——孝哲皇后(4)
营建山陵。按照封建社会的国家定制，新皇帝即位后，就应该卜择万年吉地，营建陵寝。可是同治皇帝在位13年，生前孝哲毅皇后与同治皇帝合葬的惠陵
始终未提及陵寝之事。直到同治帝驾崩了，急待入葬，慈禧才不得不派大臣在东陵和西陵为同治帝选择陵址。相度大臣带着风水官在两个多月里踏遍了东陵、西陵的山山水水，经过反复比较、筛选，最后认为东陵的双山峪和西陵的九龙峪风水最好。东陵的双山峪龙气舒
展，堂局宽平，罗城周密，屏障全备。“后有大山以为*，前有金星山以为照。金星山之两旁更有万福山朝于左，象山立于右”，“是真上吉之地”。光绪元年（1875）二月二十一日，慈禧召见了相度大臣。慈禧详细询问了相度陵址的情况，由恭亲王奕?做了回奏。最后集中在是用东陵的双山峪，还是用西陵的九龙峪这个焦点上。慈禧征询相度大臣们的意见，奕?回奏说：“以理，则九龙峪固佳；以情，则臣惠陵前景(徐广源提供)
下不敢言。”明显流露出应选用双山峪的意向。奕?所说的“理”，是指乾隆帝规定的“昭穆相建”制度。按照这个制度，咸丰帝已葬在东陵，同治帝就应葬在西陵。奕?所说的“情”是指父子之情、母子之情。咸丰帝的定陵和慈禧的菩陀峪定东陵都建在了东陵，如果顾此之情，使娇儿长倚膝下，同治帝就应葬在东陵。奕?非常圆滑，善于词令。他明明倾向于选用双山峪，却说“臣不敢言”，意在让慈禧自己作决定，自己免担破坏“昭穆相建”制度的罪名。慈禧是何等精明之人，立时就明白了奕?的心思，当即决定将东陵的双山峪定为惠陵陵址。任命醇亲王奕、左都御史魁龄、户部侍郎荣禄、署理工部侍郎翁同龢为承修大臣，于光绪元年（1875）三月十二日午时破土，八月初三日午时兴工，经过三年紧张施工，到光绪四年（1878）九月，惠陵、惠妃园寝及礼部、八旗、内务府衙署、营房等工一律告竣。惠陵规制虽然逊于以往清帝陵，但其木料均为坚硬名贵的梴楠木，因此惠陵素有“铜梁铁柱”之称。
帝后入葬。经钦天监择吉，定于光绪五年（1879）三月二十六日同治帝、孝哲皇后入葬惠陵地宫。三月二十一日，光绪惠陵朱砂碑
帝奉两宫皇太后由京启銮，去东陵参加同治帝、后的奉安大典。二十三日到达东陵的隆福寺，并住在了那里。二十四日辰刻，同治帝梓宫和孝哲皇后的梓宫从隆福寺暂安处奉移惠陵。光绪帝跪送后，由间道至惠陵，敬视方城、明楼、地宫后，于申刻跪迎同治帝、孝哲皇后梓宫到惠陵，两具梓宫均停放在隆恩殿内。三月二十五日，光绪帝在同治帝、后的梓宫前行迁奠礼后，奉移两梓宫于方城前芦殿内，安奉在龙车上。二十六日卯刻，孝哲皇后梓宫随同治帝的梓宫葬入地宫。同治帝的梓宫安奉在棺床正中，孝哲皇后梓宫安奉在同治帝左（东）旁，均棺头朝北，棺尾朝南。同治帝、孝哲皇后的谥册、谥宝于梓宫入葬前安放在地宫左右册宝石座上。众大臣退出地宫后，敦宜皇贵妃（即慧妃富察氏）等进地宫敬视同治帝和孝哲皇后梓宫。随敦宜皇贵妃进入地宫的可能有瑜妃赫舍里氏、珣妃、瑨嫔西林觉罗氏。她们与自己的夫君同治帝和皇后阿鲁特氏作最后的诀别。同治帝的这4位遗孀，当同治帝驾崩时，年龄最大的瑜妃19岁，年龄最小的皇贵妃富察氏（慧妃）才16岁，刚刚进入花季妙龄就开始了数十年的漫长的寡居生活。敦宜皇贵妃等退出地宫后，在石祭台前奠拜如仪。掩闭地宫石门，大葬礼成
第六部分备受婆母虐待的皇后——孝哲皇后(5)
地宫被盗。震惊中外的东陵第一起大盗案发生在1928年7月，军阀孙殿英盗掘了乾隆帝的裕陵地宫和慈禧陵地宫。1945年8月，日本投降以后，东陵地区的一些土匪、不法分子趁时局动荡、政权交替的混乱之机，制造了东陵的第二次大盗案。这次被盗的陵寝有康熙帝的景陵、咸丰帝的定陵、同治帝的惠陵和慈安陵。被盗陵寝之多，损失之惨，比上次更为严重。
据民国三十五年（1946）四月二十二日《世界日报》略载：“三十四年十二月清三陵被
盗，一、同治惠陵，棺两口。一同治，一陪妃，尸体俱面目如生。金棺前供桌上同治翠印一、金表一。棺内外珠宝、玉翠、金属等品，用麻袋装出，再用香炉量分，金子约二十余斤。”
又据民国三十五年五月二十九日《华北日报》略载：“惠陵盗犯供词略称：三十四年十一月间，奉司令命，征集民夫挖掘惠陵，用炸药把石门炸开，第一层有四个架子，分列两旁。一边是皇帝翠印一颗、皇后翠印一颗，一边是书籍及印刷板之类。第二、三层没有东西。第四层有棺两个，用斧锤等将棺劈开，由皇棺内取出半斤重金墨匣一方、重四两金八卦一个、美国赠品四边镶白珠可走半年之金表一个、朝珠白缂各两串、二十四颗的白珠子两串、翠扳指一个、金火盆一个、翠烟袋一支。