于是，他把已经升任首辅的徐阶叫来，表示自己要退居二线，当太上皇，准备在西内一心拜道。徐阶极陈不可，谏劝皇帝不要搁挑子。
“好，既然如此，你们一定要与朕同辅玄修，努力崇道，日后再有谁敢上疏劾奏追论严嵩、严世蕃父子，朕一定下令把他们与邹应龙一同送斩！”嘉靖帝声色俱厉。
远在江西南昌的严嵩闻此，知道帝意仍有念旧之情，就趁嘉靖帝生日，在铁柱宫使道士建醮为皇帝祈祷，亲自撰写《祈鹤文》献上。皇帝优诏答之。见有回信，严嵩登老二上肚脐，上疏乞求皇帝准许自己被流放的子孙回南昌能给自己养老。对此，嘉靖帝没有答应。
事已至此，严世蕃也不消停，惹事不断。他被明廷下令流放雷州，但是，刚刚行至半道，他便擅自回返，在南昌大兴土木，修建豪华别墅。更危险的是，他常常酒后宣言：“哪天我得以重起，一定要拿下徐老头的人头，邹应龙也跑不掉！”
徐阶得闻，忽起斩草除根之心。
严嵩听见儿子如此放话，叹息对左右讲：“此儿误我太多。圣恩隆厚，我得善归。此儿虽被遣戍，遇赦也可得归。今忽忽大言，惹怒圣上与徐阶，我严氏家族，横尸都门那天，想必不远矣！”
合该有事。袁州推官郭谏臣因公事路过严嵩府宅，看见一千多工匠正大修府邸。严府仆人作监工，望见郭推官根本不起身见礼。郭谏臣大怒，上状于御史林润。这位巡察御史先前劾奏过严嵩党徒，很怕日后严嵩父子重起遭到报复，见此状大喜，立刻添油加醋，上奏严世蕃在江西阴聚徒众，诽谤朝议，图谋不轨。同时，他还奏称小严聚数千人（一下把数目扩大几倍）以修宅为名，阴谋造反。
疏上，嘉靖帝大怒，命林润诏逮严世蕃等人入主京审讯。
林润得令即行，一面下令捕人，一面又上奏疏，半真半假，把严世蕃一案渲染得活灵活现：
世蕃罪恶，积非一日，任彭孔为主谋，罗龙文为羽翼，恶子严鹄、严鸿为爪牙，占会城廒仓，吞宗藩府第，夺平民房舍，又改厘祝之宫以为家祠，凿穿城之池以象西海，直栏横槛，峻宇雕墙，巍然朝堂之规模也。袁城之中，列为五府，南府居鹄，西府居鸿，东府居绍庆，中府居绍庠，而嵩与世蕃，则居相府，招四方之亡命，为护卫之壮丁，森然分封之仪度也（喻指严氏父子僭越制度自以为王爷）。总天下之货宝，尽入其家，世蕃已逾天府，诸子各冠东南，虽豪仆严年，谋客彭孔，家资亦称亿万，民穷盗起，职此之由，而曰：“朝廷无如我富”。粉黛之女，列屋骈居，衣皆龙凤之文，饰尽珠玉之宝，张象床，围金幄，朝歌夜弦，宣淫无度，而曰：“朝廷无如我乐”。甚者畜养厮徒，招纳叛卒，旦则伐鼓而聚，暮则鸣金而解，明称官舍，出没江广，劫掠士民，其家人严寿二、严银一等，阴养刺客，昏夜杀人，夺人子女，劫人金钱，半岁之间，事发者二十有七。而且包藏祸心，阴结典楧，在朝则为宁贤，居乡则为（朱）宸濠（喻指严氏父子想效仿朱宸濠造反），以一人之身，而总群奸之恶，虽赤其族，犹有余辜。严嵩不顾子未赴伍，朦胧请移近卫，既奉明旨，居然藏匿，以国法为不足遵，以公议为不足恤，世蕃稔恶，有司受词数千，尽送父嵩。嵩阅其词而处分之，尚可诿于不知乎？既知之，又纵之，又曲庇之，此臣谓嵩不能无罪也。现已将世蕃、龙文等，拿解京师，伏乞皇上尽情惩治，以为将来之罔上行私，藐法谋逆者戒！
严世蕃落到这地步，仍旧嚣张，放言：“任他燎原火，自有倒海水。”
几个被一起关押的党朋见严爷这么镇定，连忙问计。严世蕃说：“通贿之事，不可掩遮，但圣上对此并不会深恶痛绝。‘聚众通倭’罪名最大，可以派人立刻通知朝中从前相好的言官，在刑部把这一条削去，增填我父子从前倾陷沈鍊、杨继盛下狱的‘罪恶’，如此，必定激怒圣上，我辈可保无忧！”
结果，这招真灵，刑部尚书黄光升及大理寺卿张守直等人受传言欺弄，又有言官做手脚，他们撰写罪状辞中果真把严氏父子陷害杨、沈二位忠臣的事情写入，且大肆渲染。
待他们持状入见首辅徐阶，这位徐大人早已成竹在胸，随便看了诉状一眼，置于案上，问：“诸位，你们是想救严公子呢，还是想杀严公子？”
众人愕然，齐声曰：“当然是要杀他！”
徐阶一笑。“依照你们所上诉状，必定会让他活得更自在。杨继盛、沈鍊受诬被杀，天下痛心。但是，这两人被逮，皆当今圣上亲下诏旨。你们在案中牵涉此事，正触圣上忌讳。如果奏疏上达，圣上览之，必定认为法司是借严氏父子这案子影射皇上圣裁不公。皇上震怒之下，肯定要翻案。到时候，严公子不仅无罪，还会款款轻骑出都门，且日后说不定又重新能得以大用！”
几个人一听，如雷轰顶，均惊立当堂。良久，他们才讲：“看来要重新拟状了。”
徐阶怡然，他从袖中掏出自己早已写好的状疏，“立即按此抄一遍即可。如果你们回去反复集议，消息泄露，朝中严党必有所备，那样，别生枝节，大事就不好办了。”
众人唯唯。
发稿示之，见徐阶所草罪状，重点在于描述严世蕃与倭寇头子王直阴通，准备勾结日本岛寇，南北煽动，引诱北边蒙古人侵边，意在倾覆大明王朝。
果然，疏上，嘉靖帝拍案狂怒。他最恨倭寇和蒙古人。见小严和这些人勾结，那还了得，马上下令锦衣卫严讯。
严世蕃等人，很快得知徐阶所拟的“罪状”，相聚抱头大哭：“这回死定了！”
狱成，严世蕃等人被斩于市，严氏家族被抄家。共抄得白银二百零五万五千余两，珍奇异宝不计其数，多为皇宫内府所无。不久，严氏党徒在朝中的诸人，也皆为徐阶等人清洗出去。严家大树，连根被拔。
至于严嵩老爷子，白发苍苍八十老翁，一身破衣烂衫，满脸污脏，日日持一破碗，在田野间的坟间转来荡去，捡那些上坟的供品充腹活命。捱了一年多，老头子凄凉死去。
昔日威风凛凛的大宰相，落得如此下场，想来也令人鼻酸。中国的政治生态，永远如此，风光时可以一句顶一万句。但是，只要谁政治上倒台，身败名裂，哪怕你是堂堂相爷，也逃不出空腹惨死的结局。
从实而言，严世蕃死有余辜，但徐阶玩的这种政治手腕，也过于阴狠，非要编造莫须有的通倭谋逆大罪来搞严家，其目的就是一定要牵连上严嵩。谋逆大罪，株连抄家发泄绝对难免，徐相爷非要置政治对手老严和小严永世不得翻身。对于这一点，明朝当时及日后多有人不平，认为徐阶的手段，使严世蕃的罪名不能服天下人心，刑非所犯，于理不称。
天道好还。日后徐阶下台，又被“后浪”高拱怨恨算计，以其二子乡间怙势犯法为由，把徐老头二个儿子罚往边地“劳改”，老徐自己差点与老严前辈殊途同归，在风烛残年孤独而终。幸亏不久张居正把高拱又拱下去，老徐才得保令终。
作为徐阶弟子的张居正还算厚道，他当政后，派江西地方官员收拾严嵩枯骨，修坟安葬。严爷再怎样也是堂堂大明一代宰相，总不能和要饭花子一样的死法、葬法。
嘉靖一朝，正因为无大奸太监，方显严嵩柄政的“罪恶”。其实，许多军国大事方面，嘉靖帝乾纲独断，最大的坏事都就是皇帝拍板，严嵩依惟而已。
中空的王朝——嘉靖年代的最后岁月
严嵩身死前后，荒淫的嘉靖帝也“崩”了。
这位君王的末年，沉溺道教尤甚。宫中宦官为了“安慰”他，常常趁他呆坐时从旁边扔落一个大桃，报称“天赐神桃”。为此，嘉靖帝会大喜连日，又兴“报恩”醮礼数日，耗费金银无数。即使是兔子生下两只崽，或者殿庭阴凉处生出几枝大个狗尿苔（灵芝），在宫中也令被当作“祥瑞”来庆贺一大番。
嘉靖四十五年初，户部主事海瑞的上疏，道出了这位皇帝崇道费财的真实情况：
陛下即位初年，敬一箴心，冠履辨分，天下欣欣……锐精未久，妄念牵之，谬谓长生可得，一意修玄，二十余年，不视朝政，法纪弛矣；数行推广事例，名器滥矣。二王不相见（指嘉靖帝听从道士劝言，不与自己两个儿子见面），人以为薄于父子；以猜疑诽谤戮辱臣下，人以为薄于君臣；乐西苑而不返大内，人以为薄于夫妇。吏贪官横，民不聊生，水旱无时，盗贼滋炽，陛下试思今日天下为何如乎？古者人君有过，赖臣工匡弼，今乃修斋建醮，相率进香，仙桃天药，同词表贺，建宫筑室，则将作竭力经营，购香市宝，则度支差求四出。陛下误举之，而诸臣误顺之，无一人肯为陛下言者，谀之甚也。自古圣贤垂训，未闻有所谓长生之说，陛下师事陶仲文（老道士），仲文则既死矣，彼不长生，而陛下何独求之？诚一旦幡然悔悟，日御正朝，与诸臣讲求天下利病，洗数十年之积误，使诸臣亦得自洗数十年阿君之耻，天下何忧不治？万事何忧不理？此在陛下一振作间而已。
嘉靖帝览疏狂怒，非要马上杀海瑞。幸亏一名叫黄锦的太监谏劝：“此人素有刚直痴名，上疏前已经与妻子相诀，购买棺材待死。如皇上你现在杀了他，适成其名。”
因此，海瑞只被收监论死。
可巧，这年底，嘉靖帝就崩了。