明军次于平壤城下。
小西行长深信明军是护送朝廷封贡使臣来此。正月初六，他在平壤城内的风月楼大摆宴席，群倭花衣骏马，夹道欢迎，等候大明使臣入城。李如松方面，分派诸将，授以方略，准备分道奇袭入平壤。
但明军诸将轻敌，逡巡未入，反而四处打招呼安排，一时间使得日本军人大疑，纷纷登陴拒守。明军暂时放弃奇袭计划。
夜半时分，日军率先开城偷营，被李如松一军打得大败，逃回城内。
正月初七一大早，李如松安排攻城事宜。他严令诸军在进攻中不要割首报功耽误功夫，下令要三面合围，留出东面空缺专供日军逸出之地。同时，他深知日军最轻视朝鲜军人，就下令副将祖承训（先前在平壤败过）率所部身穿朝鲜军装，在城西南面潜伏。城北牡丹峰，由游击将军吴惟忠率部进攻。李如松本人亲提大军直抵平壤城下，攻其临江的东南面。
日本人一直在平壤构筑防御设施，一时间矢炮如雨，明军小却。李如松怒，手斩先退兵将数名，指挥敢死队立云梯抛钩绳肉搏登城。日军主力皆移军东南，死拒明军正面进攻。
西南方面，日军认为拥至城下的是朝鲜军，不屑派重兵拒战这些不堪一击的棒子军，纷纷抽调人手到东南方向增援。结果，祖承训部明军在城下登城前，纷纷解去朝军号衣，露出明军衣甲，守卫的日军见状大惊，连忙叫回已经派出增援东南城的军士。
战场形势，瞬息变换，日军慌乱之际，捍守失当，明军杨元一部已经破平壤小西门先登，李如松本人率军从大西门杀入。
日军顽强抵抗，火器并发，烟焰蔽空，使明朝将士多有杀伤。李如松虽身为主帅，仍旧亲自驰马进攻。一发炮弹爆炸，一下子把李如松胯下战马炸死。这位李将军神勇，一挺腰，又跨上一匹新马，挥刀直进。中途有深壕，其马不慎跌入，李如松大喝一声，急跃而上，毫发无伤，麾兵益进。将士感奋，无不以一当百，高呼登城。
毕竟明军有威力巨大的火炮，平壤城多处崩塌，手持火绳松和倭刀抵抗的日军纷纷滚落城下。
小西行长见势急，忙遣人哀求李如松，表示说如果明军放我一条归路，日军马上拱手奉出平壤撤走。短脚倭人遇到长腿棒子，二人比阴比心计。李如松先佯装答应，趁小西行长南撤时，他挥兵忽然追杀，又弄死几百号倭兵。
事后点算首级，明军杀敌一千有余。平壤之战，可谓大捷。
日军放弃平壤后一路狂逃，李如松部明军很快收复开城。不久，朝鲜所丧失的黄海、平安、京畿、江源四道皆由明军收复。盘据咸镜道的日军将领加藤清正见势不妙，与几路日军合兵，回守汉城。
节节胜利之际，明军轻敌，紧接下来遭受了碧蹄之战的失败。
李如松连捷连胜之余，军爷无长略，心骄气傲，再不拿日本军当盘菜。便于正月二十七挥师冒进。可巧，有误事的朝鲜人（也可能是朝奸）来报，说日本军已经弃汉城而逃。李如松信以为真，只带两千轻骑，直趋汉城驰来，准备上演一出轻衣匹马取汉城的奇剧。
岂料，一行人马行至距汉城数十里的碧蹄馆，正陷入数部日军的合围，明军仓猝应战。
李如松毕竟百战良将，倒还算镇定，指挥部下应战。倭兵围之数重，明军骑兵越杀越少。其中一金甲倭将率数百兵，把李如松本人及十余明兵紧围，情势十分危急。明军中级军官李有声冒死救援，被倭兵砍死。困窘之间，李如柏奋不顾身拍马驰前，夹击倭兵。李如梅弯弓驰射，一箭把金甲倭将射落马下，总算救出大哥李如松。“打仗亲兄弟，上阵父子兵”，诚不虚言。
不久，明军杨元一部及时赶到，斫重围而入，终于杀掉倭兵，但明军已经损失数千人马。
明军大部队后至，准备合力攻城。由于天气久雨，明军精甲骑兵往往陷于汉城周围稻田的泥泞中，骑行缓慢，更甭提驰骋了。日军方面，利用有利地形，背靠岳山，面临汉水，在城中联营拒守，四处遍竖飞楼，居高临下，箭炮不绝，不断有效杀伤明军士兵。
相持到阴历二月中旬，明军接报，据说有二十万倭军来援。（其实是日军奸细散布的谎言）。为此，李如松马上令杨元一部在平壤屯结，控扼大同江，连接饷道；命李如柏一部在宝山诸处连营，以为声援；查大受驻兵临津；祖承训部在开城屯军；他本人东西往来，全权指挥。不久，听说日酋平秀嘉拒守龙山仓，有粮数十万，李如松密遣查大受率敢死队突袭，一把大火点燃了龙山仓，切断了日军的粮草供应。
虽如此，自碧蹄之役创败，李如松进取之意大沮。日军方面，虽然固守汉城，但渐渐达至断粮乏食的地步，日有归意。于是，双方以沈惟敬为中间人，再议讲和。
从日本国内讲，劳师丧兵，耗费巨大，连九州大领主岛津氏内部都有人带头暴动拒绝去朝鲜当炮灰，日子很不好过。在这种情况下，主和派的小西行长加紧与沈惟敬谈判。当然，谈判桌上比不了嘴皮子，比的是真刀真枪的实力。
小西行长一失往日牛逼口气，答应沈惟敬，表示日本向大明称臣，归还汉城，并放回所俘的朝鲜王子。
于是，阴历四月十八日这天，日军忽然从汉城遁逃，李如松立刻率明军入城。进入日军所弃军营，发现本来应放粮食的大麻袋数千，用刀捅开一看，粒米皆无，全是干草。李如松大悔，如果坚持用兵，大可全歼后勤基本断绝的日本军队。
悔恨之余，李如松立遣明军渡汉江尾追日本兵，想趁其遁归之际击杀他们。但后撤的日军步步为营，严防死守，计划周密，分番迭休。由于经过碧蹄馆一役败创，明军产生畏敌心理，没敢上前与穷寇展开厮杀。最终，残余日军得以在釜山集结，联营拒守，躲过灭顶之灾。
此次追击未成，也很有可能是李如松因与宋应昌有矛盾，故意放日军逃跑。而且日军撤军前，也没有放还两位被俘朝鲜王子。最令人发指的是加藤清正一部日军，在晋州屠杀朝鲜平民六万多人，罪恶滔天。
这年底，由于明朝兵部尚书石星力主封贡议和，明朝大军撤回国内，只留刘綎一将率少部明军驻守朝鲜。言官奏劾李如松“和亲辱国”，万历帝不问，并论功加其“太子太保”。
小西行长的特使小西飞抵达北京，明廷受沈惟敬迷惑，准备册封丰臣秀吉为藩属的“日本国王”。
明朝撤军其实太早，因为釜山一地当时还有十多万日军。人家不撤军，明朝自己先撤，很无军事远见。
在此，我们还要谈谈沈惟敬在碧蹄馆战役后与小西行长的“和平”交易。
当时，沈惟敬受明朝经略宋应昌之托，给小西行长带去三个条件：撤出朝鲜并送返被俘二王子，日本向明朝上章谢罪，明廷封关白（丰臣秀吉）为日本国王。要注意的是，中方宋应昌仅仅提及“封”，并未言及日本有“贡”的地位，即没有立刻答应给日本经济好处。
如此中日讲和，实际上把与日本有“万世之仇”的朝鲜晾在一边。朝鲜国王苦求中方不要与日本言和，宋应昌表示日本仅为蠢蠢蕞尔之邦，大明不想与他交战过频陷得太深。
小西行长本人对中方提出的条件没多大所谓，他只想日后与中国通贡赚钱就行。于是，宋应昌派出两名中下级军官，与小西行长使人一起去名护屋的日本大本营商谈和议。日本方面，提出“大明日本和平条件”，共有七条，内容与宋应昌的条件驴唇不对马嘴，完全是各讲各的。日本条件是：1、明皇室嫁女与日本“天皇”；2、重新恢复两国勘合贸易；3、明朝割朝鲜四道给日本；4、朝鲜送王子、大臣入日本为人质；5、日本交还被俘的两个朝鲜王子；6、朝鲜立誓日后不“背叛”日本；7、大明和日本相互立誓互不侵犯。
结果，小西行长和沈惟敬两人暗中一合计，觉到明日双方根本说不到一块。于是，这两位商人后来擅作主张，两边挡驾两边瞒，对宋应昌表示说日方同意明方要求，希望明朝对丰臣秀吉封王。为此，这两个中日“友好人士”胆大心细，伪造了一份以丰臣秀吉名义写的“降表”。
明廷见此大悦，顺便把主张在朝鲜境内保留大部分军队的宋应昌撤了职，换了另外一位顾养谦为经略，一心一意议和。
明朝仍旧是惯有的旧思维，把日本当作与朝鲜一样的藩属国待之。见日方交还两个朝鲜王子，明廷便在万历二十四年（1596年）秋下旨，封日本的丰臣秀吉为“日本国王”，册文牛逼哄哄，一如既往地居高临下。
于是，明廷派临淮侯李宗城为册封使，沈惟敬作陪，携赦书前往日本去封丰臣秀吉。
路过釜山时，沈惟敬与小西行长私下合计，怕两个人左右欺瞒的事情露馅，就暗中告知对马岛主宗义智（小西行长的女婿）先留明使在岛上.然后，小西行长与沈惟敬一起软硬兼施，迫使朝鲜国王答应派大臣前往日本，与明使一起向丰臣秀吉“谢罪”。
本来，这场大戏丝丝入扣，李宗城到日本京城后走走过场，回国一汇报，万事大吉。岂料，老李这个皇亲大色鬼一个，酒席间他见对马岛主宗义智夫人漂亮，又穿着和服含羞乱扭给自己敬酒，淫心辄起，当场就要霸王硬上弓，奸污日本娘们。宗义智大怒，拔刀断喝。酒醒后，老李怕被日本人宰了，连夜狂逃回朝鲜，途中连封册的诏书和金印都弄丢。