岂料，吴胜兆（这名字就不好，“无胜兆”也）谋泄，其手下将领抢先一步把他的计划上告满清。吴胜兆一卒未出，身已成擒。而浙东方面，屋漏偏遭连夜雨，义师水军刚离岸，飓风忽至，大部分人被淹呛而死，溃不成军。
清廷对吴胜兆一案十分重视，四处抓人，陈子龙等人首先遭到逮捕。押送途中，陈子龙投水殉国。
夏完淳喉中咸泪和血吞。由于他本人也在清政府通缉名单中，便一度曾匿藏于其岳父在嘉兴的家中。1647年夏七月，他决定渡海加入鲁王政权军队。夏完淳至孝之人，临行前，他回乡间老家探望嫡母和生母，准备与二老告别之后再出发。
清廷眼线多多，夏完淳甫一回家，即为人侦知。清廷人马俱至，逮捕了这位少年英雄。由于他是朝廷重犯，被立刻押赴南京受讯。
在南京受押的八十天，是十六岁英雄夏完淳人生旅途的最后八十天。其间，他不仅智斗大汉奸洪承畴，巧妙羞辱了这位满清鹰犬，并且自激自励，赋诗写词多篇，表达了他“今生已矣来世为期”的冲天豪情和“家国之仇未报”的遗恨。
被羁之初，夏完淳作《采桑子》一词，从内心深处抒发了他的亡国之愁：
片风丝雨笼烟絮，玉点香球。玉点香球，尽日东风不满楼。暗将亡国伤心事，诉与东流。诉与东流，万里长江一带愁。
满清朝廷主持江南一带招抚的第一把手，乃大汉奸洪承畴。他听说夏完淳与其岳父钱枬被抓，很是得意，便想亲自劝降这翁婿二人，此举不仅能为满清主子招纳“人才”，又能给自己脸上贴“慈德”金粉。
南京旧朝堂上，洪承畴高坐，喝问下面被提审的夏完淳：“汝童子有何大见识，岂能称兵犯逆。想必是被人蒙骗，误入军中。如归顺大清，当不失美官。”
夏完淳不为所动，反问洪承畴：“尔何人也？”
旁边虎狼衙役叱喝：“此乃洪大人！”又有狱吏在其旁低声告之：“此乃洪亨九（洪承畴）先生。”
夏完淳佯作不知，厉声抗喝：“哼，堂上定是伪类假冒。本朝洪亨九先生，皇明人杰，他在松山、杏山与北虏（满清）勇战，血溅章渠，先皇帝（崇祯帝）闻之震悼，亲自作诗褒念。我正是仰慕洪亨九先生的忠烈，才欲杀身殉国，以效仿先烈英举。”
狱吏们此时很窘迫。洪承畴在上座面如土灰。
上来一个胥吏，厉声叱喝夏完淳：“上面审你的，正是洪经略！”
夏完淳朗声一笑：“不要骗我！洪亨九先生死于大明国事已久，天子曾临祠亲祭，泪洒龙颜，群臣呜咽。汝等何样逆贼丑类，敢托忠烈先生大名，穿虏服虏帽冒允堂堂洪先生，真狗贼耳！”
洪承畴汗下如雨，老狗嘴唇哆嗦，小英雄字字戳到他灵魂痛处，使得这个变节之人如万箭穿心般难堪、难受。食禄数代之大明重臣，反而不如江南一身世卑微的十六岁少年，真让人愧死！（类似故事也发生在同吴易一起被抓的“白头军”领导人孙兆奎身上，他被押南京后，也是洪承畴主审。面对拖着条“猪尾巴”的清朝“总督”，孙兆奎轻蔑地笑问堂上洪大人：“我们大明朝也有一个牺牲的先烈叫洪承畴，您不会与那位大人同名吧？”狠狠羞辱了这位大汉奸。）
忽然，一旁因久受严刑而不支的夏完淳岳父钱枬忽然一声倒地，匍伏不起。夏完淳见状，忙上前扶起岳丈，厉声激励道：“大人您当初与陈子龙先生及我完淳三人同时歃血为盟，决心在江南举义抗敌。今天我二人能一同身死，可以慷慨在地下与陈子龙先生相会，真真奇大丈夫平生之豪事，何必如此气沮！”
听女婿如此说，钱先生咬牙挺起，忍耐奇痛。
洪承畴默然久之，只得挥挥手，今士卒把二人押回牢狱。然后，上报清廷，拟判处夏、钱二人死刑。
上述种种历史的细节，不见于满清御用奴才文人“官修”的史书。而是出于被乾隆帝“御封”为“贰臣”的明末大才子屈大均著作《皇明四朝成仁录》中。
这位苟全性命于乱世的投机文人，自身道德深玷大污，但他内心中对全忠全义的英雄，也不由自主流露出热切的渴慕和深刻的崇敬。
深知自己来日无多，夏完淳在狱中写下了他那篇流传千古的《狱中上母书》，派人转送老家的嫡母盛氏与生母陆氏：
不孝完淳，今日死矣！以身殉父，不得以身报母矣！
痛自严君见背，两易春秋（严君：对父亲的敬称。见背：去世）。冤酷日深，艰辛历尽。本图复见天日，以报大仇，恤死荣生，告成黄土。奈天不佑我，钟虐明朝，一旅才兴，便成齑粉。去年之举（指自己于前一年入吴易军抗清。他兵败后，只身流亡，历尽艰危），淳已自分必死，谁知不死，死于今日也！斤斤延此二年之命，菽水之养（指对父母的供养。《礼记·檀弓下》：“啜菽饮水尽其欢，斯之谓孝”），无一日焉。致慈君托迹于空门，生母寄生于别姓，一门漂泊，生不得相依，死不得相问。淳今日又溘然先从九京（九泉），不孝之罪，上通于天。
呜呼！双慈在堂，下有妹女，门祚衰薄，终鲜兄弟（意思说家门衰落，福泽浅薄，又无同胞兄弟）。淳一死不足惜，哀哀八口，何以为生？虽然，已矣！淳之身，父之所遗；淳之身，君之所用。为父为君，死亦何负于双慈？但慈君推干就湿（推干就湿：是指母亲把干燥处让给幼儿，自己睡在幼儿便溺后的湿处。形容为人母者养育子女的辛劳。语出《孝经·援神契》：“母之于子也，鞠养殷勤，推燥居湿，绝少分甘”），教礼习诗，十五年如一日；嫡母慈惠，千古所难。大恩未酬，令人痛绝……
呜呼！大造茫茫，总归无后。（倘若）有一日中兴再造，则庙食千秋（享受庙祭），岂止麦饭豚蹄（指祭祀一般死者的食品）、不为馁鬼而已哉……
兵戈天地，淳死后，乱且未有定期。双慈善保玉体，无以淳为念。二十年后，淳且与先文忠为北塞之举矣。（出师北伐，驱逐满清。这句话意思是讲自己死后再度转世为人，仍要与其父在北方起兵反清）
……语无伦次，将死言善（语出《论语·泰伯》：“鸟之将死，其鸣也哀；人之将死，其言也善。”言善，指说话真诚不欺）。痛哉，痛哉！
人生孰无死，贵得死所耳。父得为忠臣，子得为孝子，含笑归太虚，了我分内事。大道本无生，视身若敝屣。但为气所激，缘悟天人理。恶梦十七年，报仇在来世。神游天地间，可以无愧矣！
1647年，九月秋决，夏完淳等三十多名抗清义士在南京西市慷慨就义。手提鬼头大刀、凶神恶煞般的刽子手，面对自己面前昂然站立的这位面容白皙、姣好的十六岁美少年，他那杀砍掉无数人头的双手，也不由自主地发颤发抖，最终只能闭眼咬牙才敢砍下那一刀……
历史有时真是有些荒谬的意味。一百多年后，1775年，即乾隆四十年，总爱炫耀卖弄文采和进行历史“翻案”的乾隆帝下诏，承认明末抗清诸臣“茹苦相随，舍生取义”的辛劳，颁布《钦定胜朝殉节诸臣录》，对夏完淳、夏允彝、陈子龙以及一大批明朝的忠臣义士予以“一体旌谥”。由此，昔日满清王朝的危险敌人，一变为全忠全孝的大节无亏之人，而洪承畴们、祖大寿们等曾“事两朝”的“元戎”们，统统进了《贰臣传》。
自乾隆四十年起，夏完淳的生前诗文得以公开刊印、流传，《夏节愍全集》等书纷纷面世，其上千首诗、文、信函，均得以辑成发表。
可笑又可叹的是，与夏完淳同时代投附满清的明末大文豪、大名士们，包括撰写夏完淳第一手资料的屈大均，都被乾隆帝加以痛诋和讥讽：
至钱谦益之自诩清流，颜降附；及金堡、屈大均辈之幸生畏死，诡托缁流，均属丧心无耻。若辈果能死节，则今日亦当在予旌之列。乃既不能舍命，而犹假（借）语言文字以自图掩饰其偷生，是必当明斥其进退无据之非，以隐殛其冥漠不灵之魂！
清朝学者庄师洛所作诗，最能为夏完淳这位少年英雄盖棺定论：
天荒地老出奇人，报国能捐幼稚身。
黄口文章惊老宿，绿衣韬略走谋臣。
湖中介义悲猿鹤，海上输忠啳凤麟。
至竟雨华埋骨地，方家弱弟可同伦。
无论是秦良玉，还是夏完淳，在翻天覆地的历史大动荡年代，他们皆体现出中国传统文化中“儒”与“侠”的最完美结合。所谓儒，即是全力体现舍身成仁、杀身取义的价值观；所谓侠，并非是金庸大师笔下飞檐走壁喷云吐雾能打掌心雷的“侠客”，而是那种能够牺牲自己生命并明知不可为之事而一定要去行动的侠义。
这种飞蛾扑火的行为，对于现在的“世界主义者”和笃信“泛爱”论的信徒们来讲，肯定会被讥笑为迂阔和不识时务。但是，我们中华民族的尊严和精神价值内核，正是这些妇人孺子的抵抗和不屈所由在。这才是真的道德，真的英雄！
世事多变，有时让人瞠目结舌。在对微渺传说和神话进行“宏大解构”的同时，不少人纷纷为历史负面人物翻案，不仅慈禧变成了忧国忧民的老太太，秦桧和洪承畴都成为“顺应历史潮流”的远见卓识者，吴三桂更在电视剧中变成了有情有义的铮铮汉子，而一直在海外保存汉文明衣冠礼乐的郑氏家族成员，却沦为阻挡“历史车轮”的“小丑”——何其荒唐也！